自己的领地内可以拥有一定数量的私人士兵、家丁和仆役，以维护自己的统治权威
当然，朝廷对土司也不是毫无约束，除了名义上的称臣外，土司对天子还负有其他义务土司要同海外属国的朝贡一样向皇帝进贡，这也可视为维持两者君臣之盟的一种形式另外逢改朝换代之际，土司要向新皇帝宣誓效忠，得到新王朝的承认和印信，才能延续政权的合法性
不过元代的土司制仍然不能视为成功，赵昺记的在元末红巾举义后，土司趁机扩张势力，归附地方军阀或者干脆自立门户，参与到元朝末年的群雄逐鹿当中然而却也因此惹了祸，因为土司在这次改朝换代的过程中表现的太过活跃，以至于被最后的胜利者朱元璋视为了独霸天下的威胁之一
在中原王朝眼中，治理苗疆的最重要任务，就是将语言不通、不受官府或地方土司管辖的‘生苗’，改造成通晓汉人语言、向官府或土司纳税服役的‘熟苗’，使苗疆成为开化之地为达到这一目的，明清两代都煞费苦心
明朝建立后便利用西南地区的土司来征剿生苗、镇守苗疆而为了防范牵制土司，又在各个土司辖地周边，设立密集的卫所、军屯，形成犬牙交错、相互遏制的局面但到了明末，西南各卫所衰败废弛，明朝不得不大量征召土司辖下的土兵，以填补卫所虚空可想而知，靠征用土司土兵来维持苗疆稳定，只会使土司挟苗自重，尾大不掉
到了后来为了专注于抵挡来自北方的威胁，明朝只得彻底放弃征服苗疆的打算，竟然想到用一道边墙，干脆把墙外的生苗隔离在外于是在远在长江以南的湖南西部地区，修起了一道南起湖南、贵州边界的亭子关，北至湘西州古丈县境内的喜鹊营，途经凤凰、吉首两大湘西重镇，全长三百八十余里，纵贯整个湘西地区的长城可见明朝的统治者是多么无奈，实现统制又有多难
到了清朝，位于湘黔边界，包括黔东南和湘西在内的苗疆，成为西南地区最后一片不受官府管辖的生界历代皇帝也是操碎了心，采用佂抚并举，两手都要硬的措施展开了征服
雍正时，苗疆大员张广泗曾建议：为学习汉文、参与科考的苗人学童特批生员名额，以示奖励乾隆时则有明文规定：不许生苗参加考试，以示对熟苗的优待而应试的熟苗，须注明新民籍，既与汉人考生区别，又方便录取时的照顾
同时，清廷还松弛前代在苗疆地区的禁令，允许生苗在官府登记、领取证件执照的前提下，与汉人、熟苗之间进行适当的贸易乃至通婚不仅如此，只要不涉及造反，还允许苗疆苗人案件以‘苗例’自行解决，哪怕是命盗等刑事案件，也不妨稍予宽容
在明时政府为了加强对土司辖区行政干预，不