上海，中基会第三次常会也准备在半个月以后举行经过一番接触和胡适的反复解释，蔡元培等人终于明白问题的严重性与此同时，孟禄却发现一个新的问题：由于政府的命令在前，如果以教育部而不是国民政府的名义召开会议，还“不能使旧董事会有法律根据”
这时已经是12月23日，距国民政府本年度的最后一次行政例会只剩下两天时间了在这种情况下，胡适急忙与蒋梦麟联系，并为他起草了呈请国民政府批准开会的文件，然后让他带回南京
直到28日傍晚，胡适从蒋梦麟来电中得知，“前案已通过国民政府”，他才如释重负为此，胡适在当天的日记中感叹道：“其实此次所提之案即是我以前为孙哲生（孙科字哲生）拟的办法而我的原办法比今回所通过的办法，冠冕堂皇的多了他们一定不采用我的办法，却一定要等到一个外国人来对他们说，‘不这样办是拿不到钱的’，他们然后照办！说起来真可羞！”
1929年1月3日，中基会在杭州召开会议胡适在当天的日记中抱怨说：“此次大家都是很难为情的杨杏佛放了一把火，毫不费力；我们却须用全部救火队之力去救火！”胡适认为大家忍辱负重、顾全大局，不过是“给这个政府留一点面子，替一个无识的妄人圆谎”为此他又气又恨，非常痛苦
会议开始后，又出现两个棘手的问题：一是原定由汪精卫接替周诒春担任董事，但是有人反对汪当选，美国董事也“怕他捣乱”；二是5名旧董事的辞职表面上是自己提出，其实仍有政府胁迫之嫌，何况原来由政府任命的5人如果全部当选，也给人以做戏的感觉
当天晚上，胡适迟迟不能入睡，他觉得“实在没有面孔留在基金会，遂决计辞职，提出任叔永为继任人”
第二天一早，胡适拿起周诒春交给他的一个董事任期名单，仔细看罢，“忽然想到一个绝妙的解决方法”：第一，由于郭秉文到六月份就要任满，如果让汪精卫接替郭，汪的任期就没多久了届时只要不推选汪连任，第一个问题就解决了第二，为了避免有政府胁迫之嫌，董事会应批准他辞职，并选举任鸿隽为董事这样一来，改选名单由5人变为6人，既可以证明缺额“由本会自选”的原则，又可以表明董事会并没有按政府的意图办事此外胡适还认为，他主动辞职对于被迫辞职的张伯苓、周诒春等人来说，也是个安慰
第二天一早，他将这个绝妙的方案介绍给大家，并在会上获得通过大家本来不同意他辞职，他说：“今年六月便有缺额，你们要让我回来，可以再举我”董事改选后，新一届董事会又选举蔡元培和蒋梦麟为正副董事长，任鸿隽为秘书兼干事长，翁文灏、赵元