这种想法看似有理，然而“事实上政治是否完全，是否尽如人意，谁也不敢担保”何况“先生在大学院，能有几年，大学院自身能存在几时，都不可知”因此学术文化教育事业对于政局的变动和政治的干涉，“似亦不可不防”此外，胡适还为张伯苓、周诒春等董事作了辩护
为此，胡适在当天日记中说：“写了一封信给蔡先生，讨论中华文化基金会的事此事我若不开口，别人更不开口了故我不能不说几句话”
第二天，胡适还就此事与傅斯年作了长谈，并表示准备辞去大学院委员和中基会董事对此，傅斯年当即进行了劝阻，后蔡元培得知后，也来信好言相劝只是，这两个人对这个问题都没有胡适敏感，也没有看到问题的严重性
8月31日，胡适在日记中写道：“中华文化基金会事，我本想辞了不干，但叔永（任鸿隽字叔永）力劝我勉强不要辞，将来或可尽点维持之力我不忍太坚持，只好暂搁起来再说”日记之后，还有一份大学院公函、一份剪报、一通周诒春致任鸿隽的信前两份材料证实上述改组方案已获国民政府批准，后一封信则谈到贝诺德、顾临和司徒雷登等美方董事对修改章程的担忧
在此期间，孟禄和蔡元培等人曾通过函电往来讨论此事孟禄认为，中基会的组织管理应该相对独立于政府，不受政局变动的影响；如果擅自进行改组，不仅无法保证董事会的连续性，还会引起不必要的外交冲突蔡元培则强调：“因为中华基金会的中方成员是曹锟委派的，所以政府对此会的改组是必要的”
10月4日，《时事新报》发表《大学院改组教育文化基金董事会说明》，内称自国民政府明令改组中基会以后，大学院多次接到外交部来函来电，通报美国方面的反映这些反映可以归纳为三点：一是改组董事会以及修改章程没有得到美国政府同意，违背了原来的约定；二是董事会是非政治机构，不应该受政局变化的影响；三是原章程规定董事应该自选，如今由政府委派，违背了自选原则
对于这些意见，大学院的解释是：第一，美国退还庚款，本来是无条件的，因此这次修改章程和改组董事会不需要征求美国政府同意第二，董事会成立时，曹锟政府曾拒绝学术教育团体推举的人选，这说明此事一开始就无法脱离政治第三，由贿选总统任命的这个董事会，是不可能通过自选方式来完成其更新换代的；只有对它进行改组，才能走上非政治的道路而在此之前，蔡元培为了辞职已经携带家眷离开南京，由杨杏佛代行其事这好像证明了胡适的先见之明
尽管大学院的解释振振有词，但是早在9月13日，胡适就收到杨杏佛以大学院名义发来的一份公函