总干事一职，继由地质学家丁文江接任总干事
丁文江早年留学英国攻读动物学和地质学，1922年参与发起成立中国地质学会，与翁文灏合著《第一次中国矿业纪要》haitangss ¤是一个精于科学又长于事务管理的科学家，1934年任中央研究院总干事后在科研组织管理方面实施了一系列富有成效的改革蔡元培称是一位“有办事才能的科学家”，“国现代稀有的人物”
作为一院之长的蔡元培给自己的角色定位，就是为科研人员竭尽所能地创造学术研究条件和空间用现在的话说，即领导就是服务
各所的学者要去全国各地进行科学调研，蔡元培总是和国民党的各地方军政要员积极接洽，要求们尽力协助
对自己聘任的专家学者，蔡元培则用人不疑
时任社会科学研究所社会组主任的陈翰笙回忆：“蔡先生是院长兼社会科学研究所所长，但所内的具体工作，全都放手让主持，从不干扰重要事务，由去向报告，仔细地、认真地、虚心地听取报告，先征求的处理意见，然后由提出具体办法来同商榷……去信请教时，都亲笔回信，具体而切实，从没有训人的口吻haitangss ¤不仅对是这样，对中央研究院每一个工作人员，不论职位高低，都以谦虚诚恳的态度平等相待”
蔡元培领导创建中国研究院，是继担任民国教育总长、北大校长之后，对于中国文教科研事业所做的又一个丰碑式功绩，以至有人评价，这是“蔡先生对于国学术之最大贡献”
1949年，国民党当局迁台haitangss ¤cc12月，历史语言研究所的全部以及数学研究所的部分共二千多箱重要图书、文物、仪器、设备运往台湾，迁至台北的台湾大学，暂存在桃园县杨梅镇（今桃园市杨梅区）火车站仓库其余研究所皆留置于中国大陆，并发展为后来中国科学院之主体（中国科学院早期的外文译名亦一直沿用AcademiaSinica，现多采用英语ChineseAcademyofSciences，但仍有部分研究所沿用拉丁文译法）
由于多数院士及中央研究院第一届院士会议所选出之第三届评议员32人都留在大陆或留置国外，在台者仅有吴大猷、朱家骅、凌鸿勋、李先闻、吴敬恒、胡适、傅斯年、李济、董作宾、王世杰、王宠惠等人，不足法定人数，两会无法召集并行使职权，在一段时间里，台“中研院”陷入半停顿状态
1954年，经朱家骅多方奔走，在台北市南港区现址营建院区植物研究所在台“复所”
1955年，成立中央研究院近代史研究所及中央研究院近民族研究所筹备处
1957年，多方讨论出“