27年11月更名，下有天文组、气象组haitangss ¤cc1928年2月分立为天文研究所、气象研究所，均在南京
语言历史研究所于1927年夏设于广州中山大学，1928年3月在中山大学筹设历史语言研究所，10月22日迁入广州柏园正式成立，后迁北平
体质人类学研究所于1944年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办
自然历史博物馆于1929年1月筹备，1930年1月成立于南京，1934年7月更名为“动植物研究所”，1944年5月分立动物研究所、植物研究所
心理研究所于1928年11月决定设立，1929年1月筹备，1929年5月在北平正式成立
数学研究所于1941年筹备，1947年在上海正式成立
医学研究所于1944年筹备
院长任上，蔡元培依旧奉行的“人才至上”主义，不拘一格选用科学方面的专家
理工方面，物理研究所聘丁西林为所长，严济慈、胡刚复、杨肇燫等为研究员
化学研究所聘王琎为所长，赵燏黄、沈慈辉、曾义为研究员
工程研究所聘请周仁为所长，王季同、周行健等为研究员
地质研究所聘李四光为所长，翁文灏、叶良辅、徐渊摩等为研究员
气象研究所聘竺可桢为所长，胡焕庸等为研究员
天文研究所聘请俞青松为所长，陈遵妫、高平子为研究员
心理研究所由康钺任所长
人文方面，历史语言所由傅斯年任所长，陈寅恪、赵元任、李济分别任历史组、语言组、考古组主任，研究员有陈垣、刘半农、徐中舒、罗常培、史禄国(白俄学者)等
社会科学研究所由杨端六任所长，后由蔡元培本人兼任经济组主任杨杏佛，研究员杨端六、吴定良，特约研究员刘大钧、王琎、何廉、蒋廷黻等法制组主任王云五，特约研究员周鲠生、王世杰、胡长青等社会组主任陈翰笙，研究员王济昌，特约研究员陶孟和；民族组主任蔡元培，研究员有德国学者但泽、凌纯声
蔡元培所聘请的研究人员，几乎囊括了当时中国科学界的顶级精英
在研究院的行政管理上，蔡元培也始终把握专家治院的原则研究院内总管行政事务的最初为秘书长，后改称为总干事蔡元培聘请的第一任总干事是杨杏佛
杨杏佛早年加入同盟会，并曾在孙中山的临时南京政府中任职，后赴美国留学，攻读机械工程、工商管理、经济归国后，长期协助蔡元培工作，是蔡元培创建中央研究院的最得力的助手
蔡元培曾说：“素来宽容而迂缓，杨君精悍而机警，正可以之长补之短”
1933年，杨杏佛遭国民党特务暗杀，物理学家丁西林短期代任