秘书的程沧波回忆说：“蔡先生当时做主席，尽管李文范在那里跳，伍朝枢冷嘲热讽地骂，坐在席上丝毫不动……宁粤相争，尽管闹得满天星斗，但蔡先生处之泰然这一段期间，跟蔡先生接触很多，不但白天有接触，晚上也常到那里guoye8 Θ很少谈和谈的事，也不谈现实的问题，很超然，眼光看得很远，仍然是谈教育、谈思想、谈文化”
在私下，蔡元培这时与国民党内反蒋的邓演达、陈铭枢来往，参与策划倒蒋活动guoye8 Θ们商定，看准时机在军事上占领闽粤一带，然后由蔡元培领衔发表对时局的宣言，呼吁和平、停止内战、一致对外
陈枢铭后来回忆：“其时，认为蔡元培有政治威望，择生(即邓演达)有群众基础，有军事力量，们三人合作计划实现，定可另开一新局面”
恰在随后，发生了震惊国人的“九一八”事变，日本占领中国东北为避免国内的政治分裂，使外敌有隙可乘，蔡元培与陈枢铭遂放弃倒蒋的计划
这时蔡元培的身份仍是受蒋介石指派的南京方面谈判代表但在谈判中，蔡元培没有替蒋介石说话，抵广东后不久，即接受广东方面提出的和解条件：任命陈铭枢为京沪卫戍司令，调的十九路军驻扎京沪一带接受把蒋介石下野做为双方和解的先决条件
闻知蔡元培轻易接受粤方条件、以自己下野促成双方和解，蒋介石十分生气，第二天即致电斥责
“九一八事变”之后，蒋介石提出“攘外必先安内”的政治策略一方面下令张学良的东北军撤出东北，将中国大片疆域拱手让与日本人另一方面加紧对共产党的围剿，全然不顾国内一片抗击日寇的呼声这时候反对蒋介石的国民党高层也给蒋介石更大的压力，们逼迫蒋介石交出权力为了给国民党内外一个交代，蒋介石只好第二次下野
蒋介石第二次下野，从1931年12月15日开始，到1932年1月28日结束，历时只有一个多月由于蒋介石共进退的财政部长宋子文也宣布辞职，于是南京国民政府人财两空，政府混乱这样一来，国民党内又响起起用蒋介石的呼声，于是蒋介石顺理成章地第二次复出
对蒋介石的这一次复出，蔡元培非但没有表达欢迎之意，反而在汪精卫邀请加入蒋汪联合政府的时候予以回绝
说：“救国必须分工，自献宜稽效率运筹帷幄之内，折冲尊俎之间，实非墟如弟者，所能助力若强作解事，相与周旋，隔靴搔痒，徒乱人意；不如择性所近，尽力所及，竭一得之愚，求几分之效，比于不贤识小，借告无罪云尔”
至于蒋介石对蔡元培，其实从没有好感，只不过是利用蔡的名声和人脉这在蒋介石的日记中可看出，“惟其在教育上与本