去南京车站迎接蒋介石复职，并在欢迎会上发表讲话称，蒋介石“与本党历史甚深”，蒋的复职，“不独北伐可以进展，而一切困难问题，亦可解决”
那时的蔡元培，对蒋介石还是寄以厚望的认为无论如何，只有支持蒋这样年富力强的领导者才能完成北伐大业、进而完成统一中国的革命事业
只是，随着时间的推进，随着蒋介石的种种卑劣行径逐渐浮出水面，蔡元培的思想渐渐发生了变化看来，对蒋的认识，总是要有个过程的
如果说，空前惨烈的清党大捕杀，虽然没有从根本上改变蔡元培对蒋介石的支持，但毕竟埋下了诸多芥蒂而让蔡元培这样的自由知识分子，更为不满的是蒋介石日益显露出的独裁倾向渐渐地，蔡元培不再毫无保留地支持蒋介石了
1928年9月，蔡元培以在国民党《三民半月刊》第1卷第4期发表《三民主义的中和性》一文，告诫国民党当局在反.共的同时要谨防出现法西斯主义，明确提出“若口唱三民主义，而精神上不是法西斯，便是波尔雪维克(即布尔什维克)，那就是孙先生的罪人了”
1928年10月8日，国民党的中常会再次推蔡元培为国民政府委员并兼任监察院院长蔡元培感到，这个任命实际上是出于蒋介石在国民党内派系斗争的需要，不愿去趟这个浑水
在10月13日在写给吴稚晖的私函中，蔡元培写道：“此次国府委员名单及院长与主席人选，完全由先生及张、李两先生提出，诸先生不避嫌之勇气，固为可佩，然未免太露骨，如留弟一人，立于半超然之地位，仍亦不为无益”
建议让与蒋介石关系密切且同样老资历的张静江来干这个职务，私下里却对胡适说：“这时候哪有监察的事可做？”
从这个时候开始，蔡元培这个在国民党内有影响的人物，在党内纷争中，不再坚定地站在中国政坛日益崛起的蒋介石一边，而是采取了常说的“超然”态度，有时甚至站到了蒋介石的对立面
1929年，蒋介石的亲信、湖南省主席鲁涤平被国民党中的桂系免职，与南京的蒋介石政府发生矛盾蔡元培作为“湘案”的查办员，反对蒋介石用武力对付桂系调解过程中，蒋介石扣押了由蔡元培等国民党四元老邀请来南京的李济深蔡元培知道后深为惊怒，对蒋介石越发反感
1931年2月，国民党早期领导人、时任立法院长的胡汉民，因拒绝支持蒋介石的有关举措，被蒋介石扣押软禁，引发国民党内反蒋各派联合在广州另组国民政府形成严重的宁粤对峙，双方剑拔弩张
蔡元培作为南京方面的代表，与张静江、吴稚晖等赴广东居中调解
在宁粤双方的谈判会议上，蔡元培先后担任会议主席
时任会议