运首领
清党运动迅速朝着蔡元培始料不及的方式和规模发展
清党之初，浙江清党委员会枪杀二十余名共.产.党人和革命群众
蔡元培知道这件事后，很是痛心疾首，提出了严厉批评：“们不能随便杀人！昨天那样办，太荒唐！太草率！太不好了！此后必须谨慎注意”
作为清党的最初力推者，提出清党务必执行的三原则：抓人必须调查清楚；定罪必须证据确实才可判决；杀人必须其人罪大恶极，提交清党委会员讨论决定后才可执行
为劝阻滥杀，蔡元培在1928年前后写下《追怀不嗜杀人的总理》一文
言道：“总理致力革命四十年，不但政敌甚多，就是始信而终叛的人也不少；然而总理最反对暗杀，一切均以堂堂正正之革命军行之军行时自然不能没有死伤的人，然这是不得已而杀人，不是嗜杀以汤芗铭的反复，并不念的旧恶；以陈炯明的叛变，还许们悔过效力；其类似的人，从没有宣布过死刑总理的不嗜杀人，可以公认了”
但是，政治斗争的残酷，远非蔡元培所能预见和主导这时的蒋介石等这些国民党内蔡元培的“老同志”，早把总理的风格抛到了脑后，在权力争夺、残酷打击异己的道路上愈行愈远，蔡元培的规劝早已被这些人当成了耳边风
在清党期间，蔡元培曾亲自出面营救了诸多可能遭捕杀的共产党人和革命青年，如帮助被列入清党黑名单的朱宜权等出走，保释被捕入狱的进步青年史良、郑观松
1928年1月，蔡元培曾亲自致电武昌卫戍司令胡宗铎，要求释放被捕的教育界人士
言道：“闻汉口第二中学学生颇有附和共.产.党者，因而连及徐校长昌期亦被监禁但徐君实无共.党嫌疑，如蒙早日开释，无任感荷”
现在，力主清党的人却一再为被清的对象说情、提供保护、援助
其实，蔡元培和中共的很多领袖之间不仅没有丝毫恩怨，而且私交还不错陈独秀、李大钊这两位中国共产党的创始人，正是任北大校长期间亲自聘请的优秀人才
就在清党开始之时，李大钊被奉系军阀张作霖处死，蔡元培带头募捐，帮烈士的长子李葆华去日本留学
和陈独秀的关系，更不用说了两人以前就在一起共谋反清、制造炸弹陈独秀后来两次被捕，蔡元培都出手相救
以至于当蔡元培去世以后，陈独秀十分悲伤，在给友人的信中说：“弟前在金陵狱中，多承蔡先生照拂，公乃先而死，弟之心情上无数伤痕中又增一伤痕矣!”
做为学者和政客，蔡元培与蒋介石毕竟有着本质的不同
蔡元培的诉求是民主和法治，而蒋介石的目标则是权力蔡元培虽然坚定地力主清党，但主张用温和、法治的手段完成这项使命，蒋介石等人则毫不