国民党内积极反.共的人走到了一起
4月2日，国民党中央监察委员会全体会议上，在吴稚晖提交查办共产党的呈文之后，蔡元培亦向大家出示了名为《共.产党祸党证据及共.产党在浙祸党之报告》的两份材料，一份是中.共自二大以来“阴谋破坏国民党”的种种决议和通告，另一份则是中.共在浙江“阻止入党”“煽惑民众”“扰乱后方”“捣毁米铺”“压迫工人”等若干条罪状
会上经蔡元培同意，还审定了列有毛.泽.东、周.恩.来、陈.独秀等中共领袖及柳亚子、徐谦、邓演达等国民党左派人士的黑名单，共计179人，提请委员会立即采取紧急措施，将这些“首要危险分子”，“就地知照治安机关，分别看管，制止活动”
此后，在蔡元培的主持下，这些监察委员又开了4次“清党”密会
可以说，在国民党内的派系争斗中，这时候的蔡元培是坚定地站在了蒋介石一边
蔡元培又在4月9日同吴稚晖、张静江、李石曾等人一起发出3000余字的“护党救国”联名通电，痛斥联共政策的种种荒谬，严词指责工农运动，指斥武汉汪精卫等为首的国民政府与共.产.党合作，有“亡党之责”，“大有背于本党治国之精神，极端毁灭本党组织之根本旨趣，减少群众对于本党之坚固信仰”
蔡元培在通电中呼吁全体国民党党员，要“念党之危机，懔丧亡之无日，披发缨冠，共图匡济，扶危定倾，端视此举”，从而为蒋介石发动政变做了舆论上的准备
到了这一年的10月18日，蔡元培在国民党中.央党.务学校发表演讲，还在向青年学生灌输的这一思想：
“本党在共.产.党捣乱的时候，下级党部和农工组织为们所把持，不许本党党员插足xcshu⊙ 们这种方法是很厉害的，是想把本党的基础抢了去xcshu⊙ 们所做的工作，就是要消灭本党的工作共.产党的农人工人运动，是欺骗农工的运动，不能够替农工谋实在的利益”
1927年4月15日凌晨，国民党广东当局下令军警和其武装开始在广州进行“清党”大搜捕萧楚女、刘尔崧、熊雄、邓培、李森、何耀全、张瑞成、李亦愚、毕磊、谭其镜、杨其纲、麻植、熊锐、邹师贞等100多位著名共产党人英勇牺牲
仅在蒋介石的老家浙江，至1927年7月15日，杭州、宁波两地被捕的共产党人、革命群众及国民党左派就有400余人，其中117人被“清党委员会”残杀至这年底，全浙江有1805人被捕，其中932人被杀在另一些省份，更是有过之无不及在农民运动中遭到打击的豪绅们这时也纷纷反戈一击，在地方上积极捕杀共.产.党人、农.