在案子中，总统黎元洪有被人利用而滥用权力的问题，但内阁也是有毛病的，包括罗文干本人，也不是没有错处
在案子的第一阶段，罗文干虽然受到了非法对待，但毕竟没有什么人身伤害，很快也为罗文干洗清了污点做为罗文干的朋友，深知其为人和品行的蔡元培，无论如何，这结果还是可以接受的
但接下来的事情就让无法忍受了
事情本来已经搞清，因为实权派曹锟要借题发挥，竟颠倒黑白，闭着眼睛罗织罪名当时，候任教育总长的彭允彝竟献计对“罗文干案”复议，致使罗文干又一次含冤入狱
面对彭氏如此的的蹂躏人权，献媚军阀的行径，蔡元培与汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟等人商量后，决定采取行动
遂于1923年1月17日，愤然提出辞职
在辞呈中写道：“数月以来，报章所记，耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于国中……元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下，支持教育残局，以招国人与天良之谴责惟有奉身而退，以谢教育界及国人”
从这封辞职书中，不难看出，蔡元培已经愤怒到了极点
有人说，“这可能是近代中国最直率，最能体现知识分子气节的辞职书”
两天以后，在多报刊出不再到校视事的启事，随即离开北京紧接着，就发表了那篇著名的《不合作宣言》
此宣言刊发在1月25日的《申报》上，其中说到：“止见们一天一天的堕落：议员的投票，看津贴有无；阁员的位置，禀军阀意旨；法律是舞文的工具；选举是金钱的决赛；不计是非，止计利害；不要人格，止要权利这种恶浊的空气，一天一天的浓厚起来，实在不能再受了……国务员匆匆的提出再议的请求，又立刻再剥夺未曾证明有罪的人的自由，重行逮捕而提出者又并非司法当局，而为的职务上天天有关系的教育当局，不管们打官话打得怎么圆滑，总觉得提出者的人格，是不能再与为伍的”
一位哲人说过：“没有正义的地方没有自由，没有自由的地方也就没有正义”
蔡元培两次最著名的辞职，诞生了两篇杰出的宣言：《不合作宣言》和《不愿再任北京大学校长的宣言》
bqg222● cc1919年6月15日发布的《不愿再任北京大学校长的宣言》中说：“绝对不能再作不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例德意志帝政时代，是世界著名专制的国家，的大学何等自由，美、法等国，更不必说了北京大学，向来受旧思想的拘束，是很不自由的bbtxt8 Θ进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较的有点新思想的人，提倡点新的学