认为男女性质不同，夫妻各有本务，但是“男女平权”他提倡职业平等，虽然职业有劳心劳力之分，但无高低等差，“凡一职业中莫不有特享荣誉之人盖职业无所谓高下”他提倡国民平等，批判封建等级观念，认为国民并无等差，人人都有权利，人人都有义务，“权利义务二者相因”
提倡公义、公德、博爱蔡元培倡导的博爱不仅是救人于疾病、危难和穷困之中;而且能够为社会国家挺身而出;还能积极投身博爱事业，量力捐财，修河渠、缮堤防、筑港埠、开道路、拓荒芜，设医院、建学校、设图书馆，设育婴堂、养老院等
蔡元培所描述的社会国家不再是自给自足的小农经济社会，也不是闭关锁国的所谓“泱泱大国”，他讲的社会是大社会，超越国界他讲的博爱是人类之爱，不论是国际红十字会的人道主义救援，还是人类社会的“相互待遇本务”，都是大爱由此我们可以领略蔡元培的世界观念和国际情怀
遵循“中学为体、西学为用”的思想，蔡元培力图在修身教科书中把中西文化完美地结合起来，也确实堪称当时最好的范例
《中学修身教科书》本着“实用主义”原则，贴近中学生生活实际，完全可以成为他们的“生活指南”此套书虽然写在百年之前，但它表达的许多普遍的伦理道德，在今天一样值得学习借鉴
《中学修身教科书》至1921年则曾经再版16次，是民国初期国内中学深受欢迎的教科书
蔡元培的另一部大作，《中国伦理学史》之所以具有标志意义，不仅因其是蔡元培晚清时期的学术代表作，是国人写作伦理学史的开山之作，更因其是现代学术精神、道德意识与文化品格的结晶，是考察彼时“新学”逻辑、脉络与关怀的重要样本
《中国伦理学史》把中国伦理学的历史分为三期，每期都有总论和结论其下设章，每章介绍一位伦理学家的伦理思想首先是该伦理学家的小结，然后介绍他的伦理思想，最后在结论中作者对该章伦理学家的思想稍加评论，阐明自己的观点蔡元培在撰写《中国伦理学史》时，虽然把伦理学与修身术严格区别开来，但这只是指文体上的区别从研究目的和书中所体现的伦理思想来看，是为了在整理、归纳中国数千年伦理思想的基础上建立一种适合时代特点的伦理观念和行为标准
在《中国伦理学史》的主体部分中，第一期是先秦创始时代作者根据诸家伦理思想的特点，认为儒家代表中国的北方文化，道家代表中国的南方文化，“墨家毗于北，农家为南方思想之一支，法家折衷南北学派”
第二期为汉唐继承时代作者认为汉唐时期，由于政治的冲击，学者“偷生其间，无远志，循时势所趋，