伐，派雷飚、彭新民护送前云贵总督李经羲离滇。派谢汝翼、李鸿祥率师出四川，迫四川总督赵尔丰独立。派罗佩金、庾恩旸率一军赴滇南，派李根源率一军赴滇西。这时候贵州也起义，贵州士绅任可澄、刘显世、戴戡等吁请蔡锷派唐继尧率军援黔，讨平黔乱。
唐继尧率滇军占领贵阳，即被推为贵州都督。
民国二年秋，唐继尧继蔡锷出任云南都督。十一月唐继尧正式接替蔡锷担任云南都督兼云南民政长。
在当年底唐继尧继蔡锷督滇前后，恰逢临时大总统袁世凯以武力荡平国民党的二次革命、抹掉“临时”二字成为正式大总统之时，袁世凯的军队就此推进到了南方各省，仅余的云、贵、桂、粤诸省。
袁世凯以爵位金钱拉拢了粤督龙济光，对广西构成了牵制，又以陈宧督川，有进一步收拾云贵之势。
民国三年二月，袁世凯下令停办地方自治，并以民政长官进一步分削军事都督之权。唐继尧以军事长官的都督，只能勉强推荐并接受袁世凯任命任可澄为云南巡按使掌理民政。
民国三年秋任可澄在应蔡锷邀即将赴京时，唐继尧就秘密让他转告蔡锷：“袁氏自平宁、赣后（指二次革命），予智自雄，蹂躏国会，蔑弃约法，停止自治，扑灭民党。窥其举动，将不安居于总统，必有盗国之日。蔡公在京，宁能伈伈俔俔，屈伏其下，将来为袁所忌，必遭危险。不如脱身南来，共图大事”。
袁世凯显露出称帝的野心之后，唐继尧在云南暗地准备反袁。民国四年二月，唐继尧分别向粤、湘、桂、川等六省将军及巡按使发出密电，明确表示反对“二十一条”，建议西南各省“秣马厉兵，有备无患”。
“内则调整本省人事”，暗中庇护并启用曾经在江西参加二次革命的被袁世凯敌视的叶荃、黄毓成、赵复祥等人；召因反对袁世凯称帝而闲居在家的罗佩金、顾品珍等复出；用“在外散处之刘云峰、李雁宾、吕志伊、李曰垓、李宗黄等”。
“外则与各方同志密通声息，派人邀约，如蔡锷、李烈钧、程潜、陈强、戴戡、方声涛、熊克武、韩凤楼、但懋辛、王伯群诸公，亦皆久相默契，次第来滇。凡起义前后之军事、政治、饷械、宣抚、游说、联络等，皆赖内外同人分任合作，乃收云龙凤虎集贤成事之效”。
整军方面，当时云南省陆军只有两师，一旦有事不足应付。故除将现有部队加以整顿训练外，自行编警卫两团，以唐继禹、赵世铭分任团长。并借补充之名，招募退伍及新征之兵，以待编组。复选赋闲军官及测量班学员，命于讲武堂补习，以备任使。并以治安为名，密令各县整饬地方团队，以等待时机。
唐继尧就任云南都督后的整军经武，