亦有统筹之权北洋军的新生力量，多数是由他所培养和提拔，这一块越来越成为袁世凯的心病
段祺瑞与袁世凯的其他将领不同，最大的不同是这个人有自己独立的思想，有自己的原则不像段芝贵等人，什么都听袁世凯的，总是看袁世凯的脸色行事
论能力，袁世凯的手下无人可与段祺瑞相比要是真有需要，把他派过去也真的顶用但能力强，有独立思想的人也有他们的局限，就是不那么听话比如这段祺瑞，有时候就没有段芝贵好用
最让袁世凯受不了的是，段祺瑞似乎对共和情有独钟，三句话不过就能冒出一句：“维护共和”更可气的是这话袁世凯听着刺耳，却又找不出毛病
不光是袁世凯对段祺瑞有诸多不满，段祺瑞那边，对袁世凯也大不如前了
北洋系里相传有这么一段故事：
袁世凯称帝以前，小站旧人早已恢复了跪拜礼，唯独段祺瑞不肯已经是民国了还要曲膝，他身体力行旗帜鲜明地表示反对
袁世凯对此虽然嘴上没说过什么，心里显然是不高兴的对此，同是袁世凯左膀右臂的冯国璋看在眼里，急在心里
冯国璋几次劝段祺瑞说：“芝泉，你别任性吧，皇帝和终身总统有何区别？跪拜礼和脱帽鞠躬礼又何尝不是一样？”
这一次，冯拉了段一齐到袁国璋那儿去拜年，自己先跪下去，段祺瑞见冯下跪，没有办法，只得依样画葫芦了
袁世凯见了这两员大将一齐跪在自己面前，倒有点不好意思，慌忙站起身来，呵着腰说：“不敢当，不敢当！”
两个人坐了一会，再至袁克定处，也行跪拜大礼，心中当然是十二万分委曲怎知这位大少爷却端坐不动，受之泰然
段祺瑞一肚子冤气，怒冲冲地跑出来，埋怨冯国璋说：“你看，老头子倒还谦逊不遑，大少爷却架子十足，哪里拿我们当人！我们做了上一辈子的狗，还要做下一辈子的狗！”
冯国璋亦连连摇头说：“芝泉，莫说你发怒，我亦忍耐不住，今后我跟着你走，我们不能再当一辈子狗了！”
冯、段的不满，后来有人传给袁克定，埋怨他不该摆架子激怒了北洋的两大将
怎知袁克定却淡淡地说：“这正是我要的，这两个人都是老头子养大的，现在他们都有点尾大不掉我若不折折他们的骄气，将来他们更不得了，难免不爬到我的头上呢！”
北洋军人那一年都向袁行跪拜礼，袁世凯在接受他们大礼时，总是喊着自己儿子的名字说：“你们快来还礼呀！”
袁克定从不答应，俨然以未来储君自任
这是小过节，虽使北洋系的将领对袁世凯寒心，还不是致命伤最致命的，是他们逐渐感觉到袁世凯不肯和他们说真话，并千方百计地解除他们的兵柄
他们觉得：“鸟还未尽而弓已藏，狡