回到厦门，郑成功斩杀了怯战逃跑的叔父郑芝莞，放走马得功的郑鸿逵深为愧疚，主动交出兵权，自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。
这些事刚了，施琅因叛变事泄杀害了郑成功的部将曾德逃跑，郑成功大怒，处死了施琅的父亲、胞弟，犹在愤愤不平，闻知郑成功班师方才护着董夫人返回的郑经进来道：“鲁王来了。”
郑成功一愣道：“他来干嘛？”
郑经道：“舟山丢了，怕是来借住的。”
郑成功道：“若不是他中间横插一杠子，隆武朝哪能这么快就完了，这就是个罪人，告诉他，我郑成功的庙太小，容不下他这尊大佛。”
郑经迟疑了一下，还是道：“据说他已经上表朝廷，放弃监国名义，皇上为了维护在东南地区的影响，让他仍保留监国的名义。”
郑成功“哦”了一声，道：“即便如此，咱也不能承认他的政权，要想借住，就让他以明藩王的身份去金门，保证他的生活。”
郑经点了点头，转身往外走，郑成功又道：“要命人严密监视，对他的部下将领要尽力予以分化收编。”
鲁王原就心灰意冷，因此，索性做起了寄人篱下的“寓公”。
公元1661年（顺治十八年），永历帝及太子被清军吴三桂部俘获，明统告绝。以张煌言为首的忠于明室的文官武将又重新酝酿拥戴朱以海出面组织朝廷，因为掌握实权的郑成功父子不支持，只能作罢。
不久，郑成功在台湾病逝，郑经执政后鲁王的境遇更为恶化，甚至到了“宗禄”被停发，连日常生活都不能保证的地步。
朱以海虽正值中年，但一直患有哮喘病，又长期漂泊于海上，再加上十几年屡遭挫折，翼收亡羊补牢之效以弥前愆而不可得，终于1663年十一月十三日以“中痰”去世，享年四十五岁。
施琅逃脱后，跟郑成功从此结下大仇，归降大清，终有一日，带清兵灭了郑氏。
。