黯然领受了就此返回河东任上的诏旨。
直到咸通五年（864年）郑薰病退致仕之后，他方得入朝。初任刑部员外郎，不久又升任万年县（在今陕西西安，与长安县共治长安城）县令，开始了第二次亲民治政的生涯。这一任就到了咸通九年（868年）。
他因得到宰相刘瞻的举荐，被改任为户部郎中、翰林学士，加授知制诰。后又改任中书舍人，次年（869年）即因起草诏书文辞卓异而称旨，升为户部侍郎，充任翰林学士承旨。也得以第一次站在了延英殿内的侧廊。
咸通十一年（870年），唐懿宗因爱女同昌公主病逝，处死负责诊治的御医韩宗绍等，并收捕他们的亲族三百余人。时任宰相的刘瞻极力进谏，被罢为荆南节度使。当时在延英殿内位列居前的郑畋，已被视为后任之选。
然而他却在起草的罢相诏书中盛赞恩主刘瞻，以此声援刘氏的主张。却惹怒了爱女情切以致昏聩的唐懿宗，在同昌公主驸马兼宰相韦保衡的攻吁下，就此以党附刘瞻的罪名贬为梧州（治今广西梧州）刺史。
直到咸通十四年（873年）今上即位，韦保衡被免职贬出朝廷。此前被韦保衡贬逐的官员皆被召回。郑畋亦得以回朝，授为左散骑常侍；又由吏部侍郎改任兵部侍郎，第二次回到了延英殿内。
他此后历经调动，至乾符四年（877年）时已官至开府仪同三司、行门下侍郎、兼兵部尚书、同平章事、监修国史、领集贤殿大学士，并与卢携并为宰相共持国政。
那时候，国家虽然屡经患乱，但还是诸事有所可为和中兴有望趋向，祸乱大半东南的庞勋之乱被轻易的弭平，沦陷吐蕃的河西陇右，也随着归义军的崛起而率土重归大唐版图，屡有外侮有也名臣能帅高骈、崔安潜荡平之。
然而局面就一下子急转直下。关东一带灾荒开始连年，各地草贼蜂起愈演愈烈。先有王仙芝窜起濮州长垣，而祸乱江淮之间，好容易才在黄梅（今湖北黄梅西北）被东南行营招讨使曾元裕讨平。
其兼又有余党黄巢在山东作乱，肆虐中原，南下转战江淮、荆襄、浙东、福建等地“众至百万”，屡败官军并公然索取“天平节度使”的旌节。
当时郑畋等多数外朝大臣都倾向于招抚，建议授其为岭南节度使，以岭南之地加以羁縻。乃分析厉害以为奏称：
“黄巢乱军因饥荒而起，又大肆劫掠钱粮，这才逐渐壮大，席卷全国。不如宽赦其罪责，以官职将其稳住，待日后时机成熟再行剿灭。”
“那些跟随作乱的民众，大都只是为求活路才铤而走险，只要遇上丰收之年必然思乡，到时军队离散，黄巢不战自灭。”
然而，另一位与大内群宦勾结一气的宰相卢携，却是以私心作