队对这突如其来的倭寇都感到十分棘手，无法对付刘显得到军报传令，火速率领大军赶赴增援并与时任浙江都司佥事、参将戚继光一起协同作战，连续击败倭寇，并直接拔了倭寇的大本营，但凡进入福建沿海境内的倭寇无有幸存，全部消灭干净
然而，贼心不死的倭寇又源源不断地大批涌窜至应天境内，并迅速攻下了兴化城刘显所部当时因连续转战，兵力大减，与占据兴化的倭寇主力兵力悬殊，于是只好围而不攻，不敢冒昧开战
结果没的说，刘显马上被再次弹劾，说他征剿倭寇不力参劾上去后，嘉靖考虑到国家正值多事之秋，正是用人之际，不能自剪羽翼，于是下诏命令刘显戴罪立功
此时倭寇又不断地攻夺重要海岸据点，在平海卫附近与明军形成了拉锯战而打劫福建福清的另一支倭寇，也打算与平海卫的倭寇联手好在倭寇的图谋被刘显识破，刘显遂与福建总兵官俞大猷合兵于遮浪半岛，将盘踞在遮浪的倭寇全部消灭干净平海卫的倭寇闻讯打算逃跑，却被把总许朝光拦截打败，并将倭寇船只全部烧光
这时戚继光也率领所部前来增援，与刘显、俞大猷三部平倭主力大会师，一同合力作战，将兴化一带的倭寇全部歼灭，收复了失陷的兴化城
由于刘显在这一场歼灭广东、福建一带倭寇的战役中功勋显著，朝廷论功行赏，在他原有正三品都指挥佥事的级别上晋升两级，为正二品的都督佥事此时，江北的扬州、淮安、泰州、南通等地的倭寇尚未完全歼灭平定，朝廷决定设总兵官于狼山，统制大江南北，刘显改任总兵官驻军狼山
到任后，总兵刘显为履行行部考核地方官员的职责，要求皇帝能下一道谕旨给他，以便好节制知府以下这些地方官员由于通州同知王汝对刘显心生妒嫉——刘显部驻扎通州附近，而王汝为文官，不肯被刘显节制——于是上书弹劾刘显，指责刘显的请求是对皇帝的不恭，是非分要求……于是刘显被降职处分
没多久嘉靖帝驾崩，隆庆帝登基此时的刘显已经吃够了文官的苦头，不敢再跟文官作对，但他没料到在南京附近为将，不仅不能跟文官顶牛，还要听南京守备勋臣招呼(无风注：南京其实才是大明正式首都，也有六部等留守机构，但多为虚设，南京真正的三大实权巨头为：南京兵部尚书、南京镇守太监、南京守备勋臣这也是历史上崇祯自杀后，南明朝廷一时之间以时任南京兵部尚书史可法为首的主要原因)，刘显因为身为武将却不知进献，被南京守备勋臣打压，非说他属下兵丁数目与在籍人数相差甚大，结果刘显就再次被“革职候勘”了
刘显说到此处，脸上全是愤怒：“高公子，要说卫所兵丁人数与在籍人数