简指派的官员都不去上任，很多人以不由吏部而经皇帝指派才得到职务感到耻辱
长久下来以后，皇帝也就丧失了直接指派阁臣而被百官信任的权力，被直接指派的官员往往都会被同僚歧视排挤，皇帝直接失去了一张可以直接打的牌
尽管这样的内阁制度避免了独裁之臣出现的几率，选任制度相对来说比较公开，但皇权却没有之前那么大了
加上廷推的存在需要拉票，因此这样的制度逐渐演变成朋党的倾轧的摇篮
阁臣想握权，一方面得交结内监，另方面则又要倾轧同列的大学士，遂演成朋党之祸
如严嵩任首辅，威权极崇，但却为阁僚徐阶所倾倒
张居正任首辅，也因内结司礼监冯保方能遂意，结成朋党，方可行使权力，但在革弊振衰时，仍不免受言官攻击，被指责为揽权专断的权臣，甚至祸发身后，被夺爵抄家
明代朋党倾轧激烈，实与内阁制度名实不符的矛盾看密切关系，让阁臣不得不成为一个善舞长袖的人游走各党派之间
这样的制度很难选上有能力的人，像孙传庭、金铉这样的人，如果不是朱由检大力支持，估计一辈子都很难坐上阁臣之位，因此朱慈燃对内阁的改制就是职权分明
自九月初一开始，内阁与六部被剥分，内阁大学士被永定为七人，分别是中极殿大学士洪承畴、文渊阁大学士金铉、武英殿大学士孙传庭、建极殿大学士李长庚、东阁大学士周延儒、文楼大学士温体仁、武楼大学士杨文岳
六部尚书被重新任命为吏部尚书范景文、礼部尚书徐霞客、兵部尚书卢象升、户部尚书沈廷扬、刑部尚书陈奇瑜、工部尚书孙元化
也就是说，六部和内阁剥离开来，另外传统的廷推制度也被改变
七位阁臣虽然还是由官员们廷推选拔，但决定权在皇帝，并且官员们只能廷推阁臣，首辅则是由皇帝委任
另外，内阁分为五年考核一次，能者上，弱者下
在职级上，内阁节制六部，同时总揽国家政务
内阁有权任命六部尚书以下，都察院以外的大部分官员，负责制定和执行国家对内、对外的一切重大方针与政策
同时，内阁向皇帝负责，定期向皇帝报告工作，接受六部、都察院和皇帝的监督
如果都察院检举内阁，并且皇帝通过，那内阁停权留职，必须接受三司检查
总体来说，朱慈燃的新制度下，内阁做的事情还是差不多，但他们不再兼任六部尚书，这就让皇帝原本需要对付六部尚书加阁臣的局面，变成了阁臣、六部尚书
三角关系在政治上是十分稳定的，而朱慈燃之所以做出这样的安排，就是因为他想让宦官势力退出舞台，重新恢复到明初的政治格局
同样是三角关系，皇帝、六部、内阁的关系，可比皇帝、文官、宦官要