鸣之时，邓艾的属将们纷纷赶来卫瓘军营中，只有邓艾还蒙在鼓里，在帐内未出来。于是卫瓘就在日出后，乘着使者的车赶往邓艾的居所，此时邓艾还在睡觉未起，邓艾、邓忠父子一起被擒。邓艾对着天叹道：“我邓艾是忠臣啊！竟然会有如此的下场！从前白起所受的遭遇，在今日又重现。”邓艾的亲信计划拦劫囚车营救，率领兵马来到卫瓘军营。卫瓘穿着轻装出来迎接，假称正在写奏章，要为邓艾的事申辩，诸将听信他的话，于是停止营救邓艾的行动。
景元五年正月十五日，钟会抵达成都后，决意谋反。次日，他便以为郭太后致哀为由，将胡烈等将领、官员请至蜀国朝堂，趁机将他们软禁起来，并举兵叛乱。这时所有士卒只想着班师回朝，成都内外都有骚动，人们心里都很担心惧怕。钟会把卫瓘留在身边商量此事，在木片写上“欲杀胡烈等”给卫瓘看，卫瓘不答应，两人便开始互相猜忌。卫瓘去上厕所时，碰到胡烈原本的亲将丘建，便告诉他，要他把消息传到军中。
钟会逼迫卫瓘作出决定，当夜他们两个都不能合眼，各自层层设防，握刀于膝盖之上。第二天，城外有些得到消息的军队已经准备要攻进钟会，因为卫瓘还在里面而不敢出兵。钟会想命卫瓘出去慰劳各军，卫瓘打算趁此机脱身，故意跟钟会说：“您是各军的统率，应该自己前去。”钟会说：“你是监军，应该你先去，我随后就到。”卫瓘于是下殿离开，钟会当即后悔，忙派人去叫他回来。
卫瓘谎称自己生了病，并假装仆倒在地，拒绝回去见钟会。后来抵达城外，钟会派几十名亲信去追，卫瓘便拿盐水来喝，让自己大吐。由于卫瓘本身就瘦弱，所以看起来像是患了重病，钟会所派的亲信和医生来看他，都说他病重不起，钟会于是无所忌惮。等到天黑城门关闭后，卫瓘作檄文宣告诸军，各军也已经自动号召，约定隔天一早一起讨伐钟会。钟会率领所有士兵出战，城外诸军将其击败，只剩帐内数百名土兵跟随钟会走，最后所有人被杀死。卫瓘约束诸将，事情才平息下来。
钟会之乱刚平息，邓艾本营的将士想要追上囚车救出邓艾，迎接他回成都，卫瓘自认为和钟会一起诬陷邓艾，担心会有变故，就派遣护军田续至绵竹夜袭邓艾于三造亭，杀死邓艾父子。起初，邓艾进入江油时，田续不敢前进，邓艾想要杀了他，不久又放了他，等到卫瓘派遣田续，对他说：“你可以报在江油受辱的仇了。”于是田续终于杀了名将邓艾父子，邓艾父子直到晋武帝司马炎泰始九年才终于恢复名节。
卫瓘从泰始初年开始，接连担征东大将军、征北大将军等职，又领多州刺史。当时北方主要