单独拿出成立税务部，总管江南各省全部税收，包括军屯和民屯的粮食收存，所有税收只能由税务部收取，由程国祥任税务部尚书
在以往，除了户部能收税，工部和兵部都有收税权，名义上叫“竹木抽分”，到了地方上收税的部门更是多到无法想象，连武将都能找个由头收税，这一茬一茬的收税，寻常百姓谁能扛得住？
吏部尚书由杨廷麟担任，负责江南各省官员三年一度的京察考功，原本南京吏部的京察制度是六年一考，北京吏部无权干涉
朱慈烺将京察改为三年一次，并实行考成法和末尾淘汰制，考核工作实效，提高官员办事效率
刑部尚书由原军法部顾威担任，负责南京诸司、公侯伯府、天武军等各军的刑名
兵部改称军机部，除了原本的孙应元、黄得功、周遇吉、杨御蕃四人，朱慈烺又将曹变蛟、高邦、李少游三人加了进去，形成制衡
礼部尚书依然由朱继柞担任，掌管礼乐、宗教、民族及外交之政，原詹事府少詹事杨士聪任正三品礼部左侍郎
朱继柞居官清正，秉笔直书，历史上的名声极好，这位置非莫属了
工部尚书的人选也没动，还是熊明遇，朱慈烺命在江南数省建造学校万余座，明年开春前必须完工
朱慈烺将学校一块从礼部单独拿出，成立教化部，由李岩任尚书，冒襄和黄宗羲任主事辅助
冒襄和黄宗羲都上岸了，冒襄识相灵活，还有才能，黄宗羲的教育思想比较先进，而且们都是复社成员
复社在江南的影响力极大，历史上抗清报国的人才也不少，朱慈烺任用们二人，变相的拉拢复社年轻骨干，让其不闹事，发挥各自的才能，也是为了分化复社
朱慈烺将聚贤楼招募的士人经过筛选移到翰林院，充当内阁顾问；将皇明军校迁到了南京，仍隶属军机部
都察院左都御史由李邦华担任，主管官员的法纪监督，配合吏部的京察和考成法，其所有职能全部收回
南京守备和镇守太监一职没有变动，继续由魏国公和韩赞周担任，由于南京兵部变成了军机部，们二人早已被架空了，除了能指挥得动南京京营这万把人，江南各地的驻军已跟们没关系了
朱慈烺任命邱致中为凤阳镇守太监，镇守太监所有权利全部收回，只负责掌管江北的军工厂和铁厂
因史可法岳父去世，回家守制，漕运总督一职由抚宁侯朱国弼接任，朱慈烺暂时没有动，任命朱大典为南直隶巡抚，顺道监督漕运
原来的军屯部由赵景麟主管，负责操练各地屯田兵，军屯部的人不能入军机部，这是朱慈烺定下的规矩，避免练兵权和调兵权重合
后勤部由太监卢九德主管，卢九德作为勇卫营的老人，多次随军作战，又深知兵法韬略，掌管后勤问题不大
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