补完开始了，地球上的一切都会在这个过程中改变重塑。
但碇真嗣却并没有放弃，即便是失去了S2机关，他依旧能够继续活动，即便如今的初号机在量产机的面前看起来无比脆弱，他还是捡起了一块朗基努斯之枪的碎片，朝着量产机冲了过去，然后在一阵白光之中化为飞灰。
同一时间化为飞灰的还有整个地球，一切都在飞快的重组，活着的的人的灵魂开始像是时光倒流一般回到过去的状态，死亡的人的灵魂被抽取出来，同样回归到多年前的状态。
整个地球，甚至是整个太阳系，都被如同神明一般的力量笼罩。
不过最终发生改变的只有地球，一切都会回到第二次冲击发生的时候，也就是人类在南极发现了亚当的巨大躯体，并且尝试将人类的基因注入其中引发的那场灾难。
这也是剧本的开端，其实和第三次冲击相似。第二次冲击也是人类属于莉莉丝的智慧果实，和代表了生命果实的亚当碰撞，而产生的一场超级爆炸，爆炸席卷了整个生态圈，让整个南极都变成了一片血色海洋，后续各种灾难和人类自己的冲突，导致了第二次冲击后人类的人口锐减到了之前的一半。
这也让人类对于冲击极其恐惧，从而一定程度上推动了EVA的建设，根据人类曾经发现的死海文书的记载，当使徒和亚当融合，就会触发第三次冲击，造成整个人类的毁灭，于是才有了一次又一次使徒来袭。
不过使徒进入最终教条其实也并不会真的触发世界末日，因为最终教条里压根儿就没有亚当，那里面的是莉莉丝，所有使徒之中只有于天使找对了自己的老爸，剩下全都找错人了。
至于说让亚当和使徒真正相遇，是否会真的触发第三次冲击，导致人类毁灭，那就是不得而知的了毕竟原著中，也从没有二者融合的情节出现过，但至少那个时候，人类坚信使徒与亚当相互接触就会毁灭人类。
灵魂的海洋在这第四次冲击之中逐渐的回归到历史的起点，或许之前的每一次轮回并不是这样，但最终的结局都没有什么区别，时间回到第二次冲击发生的时候，然后一切重来。
只是这一次灵魂的海洋之中，出现了一些异常的存在，一颗颗强悍的心灵之光，在风暴一般的海洋之中，依旧顽强的闪烁着自己的光芒。
蓝诺们就好像是集体经历人类补完一般，彼此之间心之壁在某种力量之下被强行打破，彼此之间很清楚各自都在想些什么，也都对彼此完全理解，而在这种状态下，人类补完反而成了捅破那一层窗户纸，最后的一击。
一直以来蓝诺都没有搞清楚自己究竟想要的是什么，心灵之光也一直处在一种混沌不清的状态，而此时他终于搞清楚自己想要的是什么了，所