浓国内，家臣们都必须废掉居城，全部搬迁到稻叶山城居住，至于他们的领地内务都将交给家臣团处理
家臣团在领地里不能修建城池，只能修建阵屋或是庄园，防御力并不高，但是可以防御山贼暴民等
为了防止家臣起异心，小笠原辉长设立了三大佬九奉行共十二人的顶层家臣团
三大佬为各个家臣家中的谱代重臣担任，每一位大佬可以管理三个奉行，商议事情由其十二人表决，不过三大佬的票数为九票，也就是一人三票
这九位奉行因为事物分为外务奉行、内务奉行、武奉行、礼奉行、吏奉行、工奉行、商奉行、刑奉行、治安奉行
外务奉行主管外交事宜，主要是与朝廷和幕府之间的联络，内务奉行就是指管理领国内部事务的，包括行政事务
武奉行主管武士、足轻的安排等事情，同时还有考核武士武艺的职责，当幕府有战事征召时由武奉行与幕府对接
礼奉行主管家内礼仪以及武士文化类考核吏奉行安排家内武士在家中的任职，其余九位奉行里的官吏皆由吏奉行推举给三大佬
工奉行主管国内建设，包括基础建设和民事建设，国内居民修筑建筑都需要找工奉行登记战时有打造武器之责
商奉行主管领国内商业行为，督促商人们交税刑奉行主要就是抓捕违反律法的事情，包括武士都可以抓
这些适用于一万石以上的大名可用
一万石以下的可以自行安排
至于小笠原辉长这里就设立了秘密部门，部长就是饭纲信元统领，副部长为出蒲清種，以及伊贺国的守护仁木义政被小笠原辉长的条件降服，投靠了小笠原辉长
以至于伊贺国的国人服部氏加入小笠原辉长的麾下
服部氏出名的就是服部半藏了
伊贺众由著名的“三上忍”统领，即服部、百地和藤林
服部氏相当有名，因为他们志向高、眼界宽，敢于走出伊贺的崇山峻岭，去别处混饭吃，首领之一的服部半藏正成侍奉德川家康，屡建奇功，最终领八千石俸禄，成为产业较大的地主和政府官员
服部正成，乃德川十六神将之一，又号称“鬼半藏”
服部家是出自伊贺国的豪族出侍室町幕府十二代将军足利义晴，室町幕府衰退后；父亲保长与松平清康（德川家康祖父）有来往而受清康征召，为赴松平家埋姓，改姓服部
半藏麾下的伊贺同心兵士中有不少是伊贺忍者因此流传至后世的印象中，服部半藏之名代表着德川氏有名的忍者军团
1569年，挂川城攻战中，又协助本多重次落城bqg345 ⊙cc1572年，在三方原合战中再次立下大功，并得到家康的重赏
1579年，家康的长子松平信康被迫在二吴城切腹据说是已经被任命为天方山城守的服部半藏担当了信康的介