。他率水军继续追讨孙恩，孙恩畏惧被擒，于是在临海投海而死。
到这里，刘裕已经不是个无名小卒，而是晋军中开始崭露头角的新星。
当然，如果只是到这里，刘裕充其量就是个名将，达不成帝王的伟业。
所以“时事”造英雄的时事来了。
元兴元年（402年），衣冠南渡的东晋朝廷遇到了第二次大的灭国危机（第一次是前秦天王苻坚伐晋）。
此时的荆州有个叫桓玄的权臣看出东晋朝廷的脆弱，打算取代东晋，于是在这一年从荆州出兵攻打建康，在一番交战中，刘裕的上司刘牢之被夺取兵权，桓玄入主建康。
桓玄掌控朝政，获封楚王，并于大亨元年（403年）冬，威逼晋安帝禅位，建立桓楚，改元“永始”。同时开始打击报复之前反对他的势力，其中就有出身北府军的刘裕。
但天命主角一般都有一个套路——先下手为强。
元兴三年（404年）二月，刘裕以打猎为名，聚集北府兵残余兵将一千七百余人，在京口举兵起义，歼灭了桓楚在此的兵力。接着，众人推刘裕为盟主，传檄四方，各地纷起响应。
也是从这个时候，刘裕从一个将领名正言顺的华丽转变为诸侯。
而刘裕打仗的本事是在华夏五千年里都排的上号的，区区桓玄这种送人头的权臣哪里打的过刘裕？不出意外，桓玄被刘裕打的逃出建康，想要躲回老巢荆州。
元兴三年（404年）三月，刘裕进驻石头城，派冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率各军追击桓玄。（刘毅和何无忌并不算刘裕手下，有点类似于三国时讨董诸侯的关系）
而刘裕在击败桓玄后也终于迎来了自己的第一次人生巅峰——使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
刘裕此时基本相当于把控朝政了，不过要不说人家是天命之子呢。在把控朝政后刘裕并没有放纵，反而是澄清吏治，一扫东晋末年官场的颓废之气。
在义熙元年（405年）正月，刘毅等收复江陵，驱逐桓氏势力，并迎回晋安帝。（忘了说，晋安帝之前被桓玄掳走了，司马家的皇帝都挺悲催，可能是还债吧）至此，桓氏之乱彻底平定。
义熙元年（405年）三月，晋安帝下诏褒奖刘裕的功绩，擢升他为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。
就这样，短短五年。刘裕就从一个新兵蛋子飞升