不敢往北行，于是率部回师登州，此时身为登莱巡抚孙元化中军副将的耿仲明，竟然在登州城内当了叛军的内应，使登州城一举落入叛军之手
登州城落入孔耿二人之手以后，孔有德自封为都元帅，耿仲明也自封为总兵官，开始以登州为据点发动叛乱，史称登莱之乱
就在这场历时两年的登莱之乱中，登州城内许多原来的登莱镇官员，比如孙元化及其从官没有被杀，他们于崇祯五年二月被放出，但是黄龙的宗族家眷却被杀光了
由此可见，这个耿仲明有多记仇
也正是因为黄龙的宗族家眷都在登州城内被杀，所以到了崇祯六年初，孔耿二人在登州无法立足，携叛军渡海出逃，准备投降螨清的时候，黄龙率部下在旅顺口一带设伏，大败叛军
随后黄龙又率军对孔耿等人兵马围追堵截，穷追不舍，擒杀了孔有德部将毛有顺、毛承禄等人，并俘获了大量船只炮械，解救了大批被裹挟着渡海的登莱百姓
也是孔、耿二人命大，最终逃过海去，逃到了螨清地界，随后率部剃发，降了螨清
只是到这时，他们从登州出发时所号称的数万人马，只剩下了万余人
经此一事，孔有德与耿仲明，对于驻兵在旅顺口的东江总兵黄龙及其心腹部将尚可喜等人，更是恨得咬牙切齿
也因此，他们刚刚投降螨清，就开始向黄台吉献策，力主水陆并进拿下旅顺口，彻底扫清后方威胁
结果就有了崇祯六年七月，后金天聪七年七月，黄台吉派贝勒岳托、贝勒德格类统率大军，以天佑兵为向导，攻占旅顺南北城的事情
这一战中，总兵黄龙自杀殉国，而分屯海上的尚可喜，适逢出巡外岛而逃过一劫，但是尚可喜留在旅顺口的宗族家眷，却遭了毒手
在这个事件之中，耿仲明的心胸狭窄，以及有仇必报而且是睚眦必报的一面，展露无遗
当然了，这件事情过后，尚可喜失掉了黄龙这个靠山，在东江镇下，又被继任东江总兵的沈世魁一再排挤打压，最后也生出了上岸投降螨清的心思
于是崇祯七年二月，尚可喜效仿宿敌孔有德、耿仲明，裹挟麾下诸将与诸岛军民上岸，投降了螨清
尚可喜投降螨清以后，与孔有德、耿仲明一下子成为了同殿为臣的同僚，在黄台吉的劝和下，他们过去的私人恩怨，自然也就压下不提了
但是压下不提，可并不意味着过去的恩怨从此就一并勾销了
一方面，尚可喜从来没有忘却过，另一方面，耿仲明更是一直提防着
此时，黄台吉召集诸王公贝勒重臣们商议招降杨振的人选，因着尚可喜先前说过的与杨振麾下许多将领颇有渊源的话，便点了尚可喜的名
而尚可喜则在心思慌乱之下，更将孔有德、耿仲明二人一并拉下了水
谁料孔有德、耿仲