率臣属首先入城处理善后和接收事宜，又命邓光荐与脱欢、方臣祐随后入城再次甄别铁穆耳的尸身，以防其诈死逃脱同时命陆秀夫起草诏书向临安告捷——大都城破，蒙元灭国！
次日，邓光荐呈报，经脱欢和方臣祐仔细甄别确是铁穆耳无疑赵昺下旨命将铁穆耳及殒命的后妃尸体成殓，置于东华门外的伪枢密院大堂，供蒙元旧臣遗民凭吊，着脱欢在城外择地建陵妥善安葬阔里吉思和不忽木的遗体让家属领回，自行祭奠和安葬
赵昺此举似是施恩让遗民祭奠，可在他人眼中确与曝尸无异，只是为了报复蒙元灭国之恨实际上他的思想没有那么龌龊，而是另有深意，只是想让蒙元遗民亲眼看到铁穆耳的尸体，消除其已在破城前潜逃的流言，免得再有蒙古人利用其借尸还魂
铁穆耳灵枢运抵当日，晴朗的天空突然阴云密布，一场暴雨骤然来临，倾盆大雨下了整整一天一夜，将护城河水都染成了触目惊心的黑红色，流出二十里外颜色才渐渐淡去也不知是老天在为一个王朝的覆灭哀鸣，还是在迎接一个新朝的复兴
五日后，脱欢奏报陵墓已经建成，请旨移灵其陵选在城外一处皇苑，仿汉人陵墓修建，但仓促间建成十分简陋，规模甚小，占地不过五亩，封土只有两丈高，因为南朝没有赐下庙号和谥号，陵前墓碑上只能以汉蒙文题写‘元末帝之陵’赵昺开恩，允其在陵区建寺供奉祭祀，为其守陵
十日后，江璆奏报，城中基本清理完毕，此战城中军民伤亡甚重，搬运出城尸体达三十万具北城战斗最为激烈，毁损房屋上万间，道路、商铺几乎无一得存皇城经历阿难答的荼毒和战火波及，房屋被毁上千间，但商业区大体得以留存宫城中由于没有爆发激烈战斗，除皇后翰儿朵皆被烧毁，周边的殿舍受到波及外，大部分殿宇得以完整保全
赵昺下旨先将损毁的城垣和城门修复，疏通城中的道路，允许逃出城的百姓回城重新择地安居被俘的蒙元官吏经筛查后可以留用，以便弥补官员短缺的情况；蒙古人除商人和工匠外禁止回城，民迁往山东和两淮地区分散安置，被俘兵将和官员暂编为伍充作役军，后续再做安置
此战后，城中的蒙古人和色目人锐减，由八十余万人到不足三万，而大都城也由百万人口减少至不足十五万这样做虽然残酷，但是也是为了日后的需要，要将不稳定因素消除
不过破城后所获亦是甚丰，仅粮食就得到百万石之多，从旧朝勋贵手中收缴金达三十万两之巨，银两千余万两，珠宝器皿无算，可见蒙元官员贪腐之盛而宫中也尚存有大量宝物，其中不乏女真当年掠夺汴京皇宫，蒙元强抢临安皇宫中的旧物，这让赵昺不由感叹世事弄人啊！
九月