别以广州和福州为母港，并分设水警区，负责两海域的防务在保卫海疆的同时，肩负维护贸易水道，打击海盗和走私的任务，为大宋开展海上贸易创造良好的外部环境，适当的时候还会以威慑力量出现，开辟新的航路和贸易港
而第一舰队则改称北方舰队，驻防昆山港，负责防守长江口、抵御来自北方的海上威胁，还担负着增援长江防线的任务御前水军则驻防杭州湾，保护京畿水上安全，并担任战略预备队，护送商队北上的任务这样一来就实现了国防和保护两条海贸航道两不误的目的
赵昺是苦了点儿，可终归是有钱有权好办事采买办拿着兵部的文书很快接收了泊在各港的船只，经过点验其中三千石以上的大船共计五百余艘，两千石的千余艘，五百石的小船四百余艘其中堪用的在八成左右，新船在五成以上，余下的经过修理后也尚可投入使用
正因为现在海贸基本停顿，大批的水手闲着在家，招募的工作也很顺利，而他们的开出的条件也十分诱人水手上船后立刻支付三分之一的薪酬，离港前再支付三分之一的薪酬，出海回港后支付剩余的三分之一薪酬，并且为他们在保险所购买了保险，若是途中有伤病将给予高额的补偿
在接到小皇帝的征召令后，那些刚刚回到家中不久的退役水军大部分立刻打点行装就近到各个港口报道，此外还有些退役的步军和因伤退役的老兵纷纷前来应募，点集后共有近二千余人他们其实多是从军多年，除了操舟弄炮外别无所长，这次弄够重回海上做老本行，并拿着足以养家的高薪，当然高兴
赵昺根据召回人员的所长，分配到各船之上，同时以他们为骨干组建护卫船队说是一支民间武装组织，其实却是武装到了牙齿，经过改造的二千石商船装备了各型弩炮，并配备了开花弹，火枪也是队员的标配武器，与水军不相上下
从武装商船配装的武器，谁都可以看出这绝对不是仅仅用来对付海盗的，经过训练后二千余人可以算是一支小型的军队，足以击败一个小国的武装而赵昺也是这个意思，一旦某些国家不开眼禁止通商，那么就用枪炮轰开他们的国门，自己提前五百年就给他们来个‘鸦片战争’预演，在海外建立起飞地
此时海上贸易航线主要有两条：一是从扬州或明州经朝鲜或直达日本的航线；二是从广州出发、到东南亚各国，或出马六甲海峡、进入印度洋，经斯里兰卡、印度、巴基斯坦到波斯湾的航线当时有些船只继续沿阿拉伯半岛西航可达非洲
输出的地区与国别有：东北亚的朝鲜与日本；东南亚的新加坡、泰国、马来西亚、印度尼西亚、菲律宾；南亚的斯里兰卡、巴基斯坦和印度；西亚的伊朗、伊拉克