人口稠密地区，故置重兵戍守，由宋朝降兵组成的新附军大都驻扎在此而华南兵力相对较弱，所以遇有反元势力崛起，元廷往往抽调江南兵力支援，以致有时江南兵力为之削弱
元朝军政建置中镇戍作用的突出是因为元朝在征服汉地、南宋以后，许多地方对异族统治并不认同，反抗活动不断生，加上元朝在以往所谓羁縻地区推行直接统治，引当地部族领激烈反抗；在江南地区过度聚敛则激化了当地的社会矛盾上述情况的生使元朝的统治处于不稳定状态，因而军事镇戍对元朝统治者来说无疑是必要手段而为加强对辽阔境土的有效控御，根据蒙古传统的分封习俗，元朝还建立了宗王出镇制度
所谓宗王出镇，即宗王受封某地，负责该地区镇戍征伐，并代表朝廷监临当地军政其实这种受封并非实封，是封藩不治藩，仅取“封建之余意”他们的主要职责在于军事镇戍所以从名义上讲出镇宗王为镇戍区最高军政长官，但地区行政并不归其管领，行政由行省地方官员掌握二者的分工在于，出镇宗王重在统军镇戍，而地方行政及部分治安由元朝地方官僚系统控制，正是所谓“镇之以亲王，使重臣治其事”由此形成戍地、宗派不同的出镇体系
江南元军经过两次征讨琼州，讨伐安南、占城及远征日本几乎皆是由江南新附军抽调，这些战事使得新附军兵力大损，尤其是征日本就有十五万人殒命大海而这也可以说是忽必烈有意为之，要知道探马赤军人的军需装备，主要由军户自备，不足部分由政府补给汉军士兵的冬、夏军装和武器，由政府给，并按月放口粮，服装的不足部分、其他装备和开支，由本军户和贴户凑齐，定期送到军中
军户制的实行，可以保证国家有稳定的兵源，又可以维持一支庞大的军队而使政府负担不致过重而新附军人的装备，全由政府供给，口粮每月米六斗、盐一斤，家属每月每人支粮四斗，可以说供给全是由国家财政支付，庞大的数目对于哪个国家都是沉重的负担，忽必烈便将他们当做了消耗品多年后屯驻江南的新附军数量大为减少
随着对外战事的减少，忽必烈觉得江南业已稳定，便在至元二十二年，元廷将江淮、江西两行省所辖兵力进行了整编，重新编成三十七个万户镇戍各地，其中又区分为上中下三等，算下来屯驻江南的元军总数也就减少到二十余万，比之从前少了近半
经过整编后负担是减轻了，但是随之而来的是地广兵少的矛盾便凸显出来，唯一解决的办法就是将有限的兵力部署在重点地区，一般按照府治由万户府镇戍，再分兵驻守所辖的州治，县里一般就由新附军和乡兵组成的尉军担任维护治安，讨贼缉盗的任务，