开平自称大汗。阿里不哥则在和林称大汗。一国不容二主，于是，忽必烈和阿里不哥兄弟大开杀戒。经过多年鏖战，阿里不哥败北向忽必烈投降。忽必烈为了笼络人心，没有杀他，而是作为俘虏囚禁至死。
另外作为窝阔台汗国的实际创立者海都，以成吉思汗曾经说出，只要窝阔台有一个吃奶的后代，都比其他人优先继承，因此他不断反忽必烈，积极谋求自立为大汗。他为人聪明能干而狡诈，逐渐纠集部众，以海押立为基地，势力日盛，成为窝阔台系诸王的领。
至元六年，海都同八剌等察合台后王、术赤后王于答剌河畔召开忽里台，众推海都为盟主，一致对抗忽必烈和伊利汗阿八哈，誓约保持游牧生活与蒙古习俗。从此察合台汗国和窝阔台汗国脱离了大蒙古国皇帝的直接控制，海都觊觎大汗之位，助阿里不哥作乱于前，联合诸汗国武力对抗忽必烈于后，双方不断生战争。元军虽始终占上风，却无法彻底击败海都。
传统上，蒙古可汗有四个斡耳朵，忽必烈也不例外。他的第一个妻子帖古伦，在他成为大汗之前就去世了。察必和南必同属于第二斡耳朵。察必的儿子真金被选定为忽必烈的继承人，另一个儿子朵儿只早死。其他两个儿子，忙哥剌和那木罕，都未被选定为继承人。
但是忽必烈对他们有足够的信任。忙哥剌被立为安西王，镇守唐兀之地；那木罕则是北安王，镇守原女真之地。此外其五子忽哥赤封为云南王，镇守西南；奥都赤为西平王，以西夏之地为领地；还有讨伐安南失败的镇南王脱欢，被贬到了鄂州镇守江南之地。他们皆手握重兵，汗位的潜在争夺者。
另外蒙古习俗幼子守业，幼子在继承父亲财产、地位方面居于优越地位。因此真金的太子之位至少在蒙古贵族中间是有争议的。北平王那木罕为幼，至元六年忽必烈派他进攻海都，结果兵败被俘。十年以后，当他回到大都，对忽必烈封太子一事大为不满，他曾问忽必烈，其听后大怒，斥而逐之。这说明真金虽被封为太子，其地位与中原王朝历代的储君并不一样，而在真金的政治生涯中也受到了诸多的限制。
所以赵昺觉得6秀夫说得不无道理，即便真金被立为太子，在忽里台大会上也会又番争斗，当然他们闹得时间愈久，打的越厉害，对于自己的反攻也越有利。而按照蒙古惯例，新汗未被推举出来之前，蒙古汗国的事务由皇后掌管，在大都留守的南必皇后正孤独、寂寞、冷，跃跃欲试的参与朝政，他估计其也不会放过机会，肯定要适时插上一脚。
因此忽必烈一旦身死，内外夹攻之下的蒙元政权定会陷入内乱，多方的加入也会使局势进一步的复杂化，绝非一天两天能