解决了水军划分的问题，赵昺面临的是如何对各种战船进行编组当下琼州水军战船按照吨位大小划分，有百石以下的小船，也有万石的大舟，跨度很大其中最多的是介于千石至两千石之间的战船最多，其次是五百石至千石的舟船，多数都是缴获的战船或商船通过改造入列，标准也难以统一
如果按照作战性能划分，既有用于突击作战的龟船，也有专门用于火力打击的火箭船和炮船，还有综合性的大、中型战船及辎重船、运输船、医疗船另外就是侦察和巡海用的哨船，转运人员的小艇等等专用船只，此外还有自己的巨舟，当然这只是赵昺自己的分法
这个时代还有名称各异的战船，作战时位于最前列的战船叫“先登”；还有狭而长的冲击敌船的战船“艨艟”；有又轻又快如奔马的赤色快船叫“赤马”；此外，有上下都用双层板的叫“槛”，四面设板防御矢石，其内如牢槛的重武装船还有主力战舰露栈、冒突、戈船等等楼船、戈船都是大战船，此外还有号称更大的船，豫章大舡上面起宫殿，可载万人当然“万人”也许太夸张了，千人还是可以做到的
赵昺想想还是按照用途划分比较合适，这样即使作战的需要，也便于统一调度和训练于是他将三千石以上，自持力时间长，并具有远航能力，配备弩炮和火箭射器，可独立作战的战船称作甲级战船支队这样既可作为一个编队的旗舰，也可以自行编队进行远海作战
三千石以下，二千石以上的战船称为乙级战船，这类船战船用途很多，既可以作为运输船，也可以作为火力舰，还可以作为护航之用，是水军的主力战船于是赵昺将这些中型船和用途相同的两千石一下，千石以上的丙级战船混编成运输支队、火力打击支队可以根据需要编队进行作战，也可以独立使用另外赵昺还将龙船编成突击支队，近海巡查支队等
赵昺计划针对战船功能不同制定相应的训练计划，使用统一的标准和条令进行专业训练，然后通过与其它战船根据任务的不同进行合成演练，从而形成战斗力，作战时就能根据作战形式抽调各种战船组成编队，而不是乌龟、王八一起上的局面
战船各自编队了，但是也不会都给他们单独建个水寨，赵昺计划将三个水营变成水警区，平时战船依托各个水警区进行训练和驻泊，作战时根据任务从各个水警区抽调战船组成大小不同的分舰队出海，当然船到哪里便要接受这个水警区的管理和指挥接下来赵昺又对各种战船进行定岗定员，确定职级，以便作战时不会出现混乱，不知道该听谁的……