楚州为中心组织防御，下辖十一个统制、十三个统领，有六十三将编制，约八万兵马；刘光世为左护军，下辖十军，防御淮北方向，约有五万多兵马；张俊为中护军，有十一个军、九十九将编制，以建康为中心展开，兵力约为八万人；岳飞为后护军以鄂州为中心组织防御，辖十二个军
到现在赵昺都十分庆幸，当初自己组建帅府军的时候只有几千人，自己充其量只相当于现代的一个乙种师的师长，好歹还能摆弄清楚，若是真一下子给他几万人，别看他是个理科生也弄不明白了以后也是采用的笨办法，反正我预设的编制就这么多，兵多了也养不起，够五百人就编成一个营，然后再逐步在原有的五个营的基础上扩大编制，从统领，编成统制，再编成都统制，就这么糊弄到琼州
而到了崖州之后，赵昺很是懵了一段时间，由于行朝的各部来援庞杂，又收拢了各路败军，禁军、厢军、义勇让他傻傻弄不清楚顶着殿前禁军番号的禁军实际在几万人，少的时候只有两万人；淮军鼎盛时期几十万兵将，但张世杰手里也就数千人而已；还有几十人就号称一个指挥的，也有数千义勇编成一个指挥的
反正就是一笔糊涂账，说到哪支军队，赵昺都得好好想想，他们有多少人，有多少统制、统领待迁琼后，他立即就对各部按照自己的笨办法进行了改编，人多的裁撤，人少的补充但是这个编制结构仍不合理，营以下还好说，伙、队、都编制齐全
然后一下子就跳到了‘将’一级，由一个统领管理，中间层间隔太大，这在管理上十分不便，战时也暴露出不小的缺陷在这次琼州保卫战中，其实是最高军事长官张世杰在指挥，而作为都统制的赵孟锦不得不下放到某一个方面去直接指挥，统领更是直接指挥到营，甚至越级到都，关键时刻还要脱离指挥位置到前沿，使指挥体系极度混乱当然造成这种乱象，赵昺也功不可没，他一个皇帝都直接对敌，底下的人敢不奋勇啊！
水军在指挥体系上虽然没有步军这样混乱，但是编制上也并不完美当然这也与赵昺脱离不了干系，一个是因为他对古时水战的形式还缺乏直观的了解；二是对战船人员构成也处于茫然不知的状态，只是凭着自己的直觉和刘洙等水军将领的建议分配水手；三是作为水军最高指挥官此前也只是一个寨头，管理着大小十几艘战船，同样缺乏大编队作战的经验
这就导致三个水寨的设置都是眉毛、胡子一把抓，大小战船都是按功能配置，却没有按照不同的战斗任务实行管理往往每逢大战都是全军无论大小船只倾巢而出，导致战斗打响后有的人在看热闹，有的人却是忙得脚不沾地，造成兵力的浪费不说，也造成