事权力方面来说，其主官由武人担任，避免了士人的擎肘且枢密使可以向皇帝直接表述自己的意见，而不必向从前那样局限于文人们的臆想之下，制定些掺了水的作战计划，受制于宰相的权威之下
提高武人的地位赵昺不仅是从嘴上说说而已，在组织结构上将枢密使的品级定为从一品，要知道大宋朝最高军事主官太尉才是二品官，这样一来枢密使的地位虽然低于左、右相，但是也高于参知政事和一应尚书为了体现这种地位，枢密院副职都是二品，下属的一级部门主官都是部级待遇从二品，与兵部尚书同级别的不说起码薪俸高了一截，殿上排班时都要靠前站
赵昺计划在枢密院设置司令部、军事情报部、军需部及佥事判官厅、职方司、参议司和督抚司
司令部与兵部军种部相对应，下设步、骑、水、炮四个指挥部，分别负责制定各个军种的作战计划，战斗指挥、整补、核定等事宜；军事情报部便是原来的主管机宜文字和兵部的谍报司，职能未变，换了个现代感的名字；军需部则是负责制定甲仗器械的使用配置计划，新式武器的研和推广、研究战法和战术应用另外还在战时指挥辎重军的工程部队，指导筑城和修建工事
佥事判官厅是常设机构，负责枢密院的日常工作，相当于现代的综合办公室；职方司是从兵部端过来的，仍然负责地图的绘制和地形勘测；参议司就是个储才之地，相当于现代的军事委员会，他们的作用主要是平日协助枢密使制定战略、战策，对作战计划提供意见，战时可从中挑选领兵的将帅；督抚司此时只是空设，是为了指挥管理各战区预备的
至于战区的重新调整划设，赵昺现在还没有想过，当下只有琼州这点地盘，也没有必要划分而将来面对的却是整个沦陷区，不仅地理区域广大，且形势复杂即使是抛开地域概念，按照未来战争可能生的方向来划分，而面对的战争存在着大宽度、大纵深的特点，一次大规模局部战争爆可能要动员全国半数地区的军事相关机构，所以还需细细谋划……
军事机关的大脑有了，那接下来身体，这就牵扯到了军队的编制问题赵昺来到这个世界后，起初对宋朝的官制头疼的很，许多官名与现代不同便罢了，且职能也有的是以原意牛马不相及，让他费了好大的劲儿才搞明白怎么回事而军队方面虽然简明了一些，可也颠覆了过去很多固有的观念，让他难以适从
在现代军、师、旅、团、营、连、排、班的编制序列早已在脑子中根深蒂固，成为惯性，不用想就知道编制的大小来到这个世界却乱了套，其实这些叫法古已有之，但是与现代，甚至当下也完全不是一个概念，而对应的军职也是千变万化