军令两个部门都要在自己的绝对领导下，没有他的命令谁也不能妄动一兵一卒而在其之下是由左、右相及宰执们组成的专门委员会，对军队的大政策进行指导和调动，其次才是军政和军令两个负责执行的部门
军政军令不分开的一个直接后果是，军人晋升最主要的绩效考核应该是考察其对部队的战斗力提升有何贡献，如果军政军令不分开，那么掌握军政军令大权的人就可以对一名军官这方面的能力给出一次性的评估，拥有“生杀予夺”的大权这就使各位官兵们的前途几乎完全仰赖于这些军政军令大权集于一身的长官
军政军令职能分开后，部队的行政管理由行政长负责，而官兵们作战能力如何，对部队战斗力的提升有多大贡献则由军令部门来评估，它就不会是一个长官说了算这样一来，不同的评价体系不同的评估系统的使用，不仅对于官兵们的考核更全面，对官兵们的晋升也显得更公平，也避免了依附某一军将，形成团团伙伙的现象生本着军政管训，军令管战的原则，必定也要对兵部和枢密院的责权进行调整
兵部在宋朝是个十分尴尬的部门，前期职事为枢密院、三班院所分，只剩下掌管仪卫和武人科举元丰改制后，兵部的状况也没有多大的改观，职权没有增加多少，兵政仍总于枢密院，武官铨选除授归吏部本部只掌民兵、厢军名籍、蕃官加恩及领所属司局故有了名存实亡之讥、冗职之议
按照赵昺的构想，对兵部现有的职能进行调整和充实，其基本职能是：统一管理全国的武装力量，包括对禁军、厢军、蕃军和乡兵征集、编制、装备和基础训练，以及军工产品的生产和调配，军兵的品级和薪酬的评定、任用和处罚分管战区的筹建和人员的调配，及都作院、军牧场、军医院和军法院但是仍然没有实际的军事指挥权
兵部的职能生了变化，因而除隶属于尚书省管理外，还直属皇帝双重领导兵部仍由尚书领导，但是与主管军令的枢密院级别相差两级，难以体现平行管理，于是赵昺将兵部尚书的品级由从二品提高到二品兵部原有四司：兵部司、职方司、驾部司、库部司，分别执掌兵部事务后赵昺又将分属工部和枢密院所管的有关军事的驾部、车部、库部、都作院等曹监皆归兵部所辖，已经为此打下了基础
赵昺这次要对兵部做出重大的调整，通过增减将无关的曹司调整出兵部，而有些要调整到兵部管辖过去的兵部司相当于办公厅，负责协助主官工作，过去只有一个郎中充任而已这次要予以增权扩充，将此前由吏部掌管的军官升迁、磨勘、变动、资任和考课转由兵部司管理，有关军人的征募、兵籍和管理全部由兵部承担，这就相当于现代