部分则改造成大厨房，可以供应上千人的伙食在舱顶每隔一段便开有三尺见方天井，以方便通风和采光，下雨时可以关闭。
甲板以上本有四层建筑，赵昺将四层拆除，以增加船的稳定性。一层的女墙予以保留，但底部被改造成活门，平日里将弩炮藏于其中，避免风吹日晒增加损耗，战时沿轨道推出用卡榫固定便可发射。船艏和船艉甲板各布置两架重型弩炮两舷则各布置中型弩炮十五架，间隔安排安排三架重型弩炮，战时还可根据需要进行调整。而一层内部则分隔成大小不等的房间，分别作为战兵的休息场所和存放武器弹药的仓库。
船上原有的拍竿和投石机都被拆除，改由弩炮代替。重型弩炮可攻击远程目标，中型弩炮则是进入三百步以内的目标，而连发弩炮则是二百步以内的近距离目标。这样的安排使这艘船具有了远中近三层打击能力，而这种万石船本身就是一件武器，有足以碾压一切敌船的能力，即便是三千斛的大型船只也经不住它的撞击。
战船的上层建筑面积呈塔状，二层的面积也随之递减，但是依然不小。这里是作为赵昺和随行人员的生活和工作区域，大致被分成三个部分。前半段是工作区，设有议事厅、大书房和帅府随行官员的办公兼休息室中段则是侍卫和杂役的生活区，并设有独立的厨房和仓库。
后部则是赵昺的专属区域，分别设有小书房、工作间、起居室和小厨房，和专供轮值小黄门使用的保姆房和杂物间。这里设有单独的通往三层及下层的独立舷梯，各个通道有侍卫二十四小时值守，没有允许任何人都无法进入。当然这些都是他的前两任使用者留下来的，周翔只是对其中部分根据需要略作改装。现在二层基本已经修改完毕，只等油漆上彩了。
“这里够宽敞，不过也太过奢侈了！”赵昺进了自己的专属区，摸摸门上的金质贴花皱皱眉说道。
“诶，也只有这样才配的上殿下的身份吗！”周翔笑着说道。
“这样不好，你让工匠们将这些金饰都取下来、熔了，作为修船的资费，本王不用如此奢侈。”赵昺摇摇头道，他看看屋中的金饰无处不在，目及之处估摸着就能有上百两之多，看来自己的两位前任都十分喜欢这黄白之物。
“殿下，你再来看这里！”周翔神秘地笑笑，在书房的一面墙边摆弄了片刻，拉开一扇暗门道。
“这里都是什么？”赵昺只觉眼前一片金光，亮的晃眼，他急问道。
“殿下，这里都是刘深的私用之物。”周翔指点着说道。
“哦，不是已经让人将船上的财物全部交给帅府公用了吗？怎么这里还有许多。”赵昺走进去，只见足有三、四十多平米的屋子中堆满了各式金银器具，仅金盘、