，自己是天下兵马副帅，自然改称帅府军，新军也就以此为骨干进行改组全军共设前、后、左、右、中和水军六部，直属制置司统辖调配，与四司处于平行的地位平日由安抚司进行管理以赵昺来看，制置司就是司令部，决定战略及战役方向、下达作战命令，任命各******安抚司则是参谋部，负责组织训练，战前谋划，指挥战斗其它三司就似是辅助单位，负责后勤、民政等事务
赵昺作为创建人当仁不让的成为第一把手原护军都统赵孟锦升任帅府军统制，兼任中军统领中军置参军、书记、教头等幕僚和斥候队、亲兵队等直属队，下辖步军四个指挥，马军一个指挥前军统领由黄显耀升任；左军统领由原护军步军指挥使刘志学升任；右军统制由原殿前军统领官韩振担任；后军统领由泉州揭阳义勇首领庄思齐担任后四军机构设置相同，但下辖三个指挥步军另设有炮军一个指挥，辎重两个指挥直属统制管辖
步军所辖二十个指挥，计有官兵一万零三百二十人，暂时皆不满编所部军官除各军各部升任或提拔的外，绝大多数军官皆来自原殿前军，他们的所有人除一队编入王府亲兵队外，大多官升一级，或两级
之所以如此也是无奈之举，原护军训练时间尚短，本来就缺少合格的基层军官，根本不堪调用而义勇各部更是如此，他们作战勇敢，但缺乏训练，军官只是由有声望或是武艺高超者担任，指挥作战全凭感觉可殿前军经江氏父子严加整训，整体素质较高，原本想将他们作为精锐力量统一使用，但基于当前严峻的形势也只能拆散使用
水军统制由副都统制刘洙升任，由于此次又接受大小船只二百余艘，仅操舟的水手就不是个小数目，操蛋的是船上原有的水手几乎都被带走，只留下空船所以尽管当初原水军已经按照双倍人员配属，可也远远不够用，他们急需补充兵员除将疍兵补入外，又让他们从义勇中优先挑选了一批擅水者补入，兵力也随之膨胀为五个指挥和十二个队，近五千人但由于船有大小，各个指挥和队人数不尽相同
按照原来定下选兵的规矩，指挥以下军官皆由所属主管选定，逐级选拔后报备到制司，而兵丁皆已按照名册划分完毕，他们只需照单接受但这也考虑到了原有统属的关系，尽量将其老部队划拨到他们的麾下，以便于指挥不适合执行战斗任务的人员、家眷和编余人员就只能暂时编入匠作营和王府老营之中
随着各司的成立，参议局已经没有存在的必要，人员随即也分别补入各军各司之中担任文吏和幕僚而匠作局也分为王府工正所和制司所属的都作院，总计局和医药局则整体转入制司统管，赵昺的自留地也只剩下内府这块地