这一天，也是工藤新一变小的开端。
他们的约会非常惊心动魄——坐个过山车，一趟下来，车还在，但有个乘客的头没了。
工藤新一解决完这一起枭首案，没等歇歇，突然又发现，同乘的两个黑衣男人非常可疑。
于是他在黑衣人们离开时，独自追了上去。
……被他盯上的那两个人，正好是琴酒和伏特加。
琴酒和伏特加要在附近进行一起秘密交易。所以他们先坐过山车观察了周围的情况，确定对方没有埋伏。
谁知这么一探查，却被一个高中生侦探盯上了。
工藤新一跟到地方，躲在墙角，专注偷拍正在交易的伏特加。
正拍的高兴，却惨遭琴酒绕背偷袭。
琴酒一棍敲在工藤新一后脑勺上，把人撂倒。
他捡走了工藤新一的相机，然后低头看着尚未死透的名侦探，给工藤新一灌下了一种尚在开发中的毒药——APTX4869。
这是雪莉正在研发的药物。
据说被它毒死的人，体内无法检测出毒素，看上去就像普通的猝死，可以成为完美犯罪。
琴酒灌完药，放心的走了。
然而被他给予厚望的APTX4869，却没能发挥他期待的功效。
这药，只是把工藤新一的身体变小了。
工藤新一醒后，震惊的发现自己成了一个小学生。
他逃回家，遇到了阿笠博士。
在博士的劝告下，工藤新一隐瞒身份，化名为江户川柯南，决定去毛利家借住。
因为毛利兰的父亲毛利小五郎，开了一家侦探事务所，在当侦探。
而按照阿笠博士的脑回路，工藤新一需要：
用他出色的推理才能，帮毛利小五郎成为名侦探↓
名侦探毛利小五郎参与高等案件↓
通过那些案件，接触到给工藤新一灌药的黑衣人↓
从黑衣人那里拿到APTX4869的样本↓
黑科技大佬阿笠博士研制出解药↓
柯南重新变回工藤新一↓
以名侦探的名义举报非法组织，把他们一网打尽。
……
柯南可能是刚被琴酒敲到了头，脑子一时没转过来。
也可能单纯是被“住进毛利家”蒙蔽了双眼。
总之，他矜持的表示博士说的非常有道理，然后很听话的跟着毛利兰走了。
柯南和毛利兰刚到侦探事务所楼下，就见毛利小五郎从事务所冲出来，打了一辆车。
——一个富豪的小女儿被黑衣人绑架了，富豪请毛利小五郎前去找出绑匪。
柯南一听到“黑衣男人”这四个字，眼睛噌的瞪大，像打了鸡血一样，拖着毛利兰一起挤上车，非要跟去破案。
至于那件案子……
江夏想起前因，略一犹豫，拧动车头改变行进路线。绕到了附近那所“有杀气”的中学的前门。
到了地方，停下来一看，门口挂着的牌子上，赫然写着“二桥中学”。
江夏记得这个名字