人之父题照，写了“家祭毋忘”四字也许，蔡元培已经预感到自己不能看到抗战胜利的那一天了
身处香港的蔡元培继续关心中央研究院的工作这时的中央研究院，由于上海沦陷，随南京国民政府迁往中国西南各省份
淞沪会战爆发时，蔡元培强撑病体，指挥和组织上海三个研究所向内地搬迁而各所所长多有不愿意去重庆的，蔡元培尊重大家的意见，除总办事处与气象所搬迁重庆外，其各所可以自定去处
如此一来，昆明、桂林也成为迁移的目标，事情也便多了起来为此，蔡元培不得不操更多的心即便在香港养病，蔡元培仍然随时接收各处、所的行踪报告，时刻关注和指导着们的安置情况
种种问题接踵而来，千头万绪，需要梳理
1938年2月28日，在蔡元培的召集下，关于“中研院”搬迁的一个重要会议在香港酒店举行总干事朱家骅以及丁西林、竺可桢、李四光、傅斯年等各所所长都出席了蔡元培主持会议，确定了战时院务的众多重大决定与生存发展策略，大家也统一了思想
但是，“中研院”总干事一职的人选问题，一直让蔡元培伤脑筋被蒋介石任命为浙江省政府主席的朱家骅曾多次要求辞掉总干事一职，均被蔡元培拒绝这次到香港，朱家骅又一次以将出任驻德大使为由，请蔡元培另聘人蔡元培虽仍不同意，但也不能不考虑新的人选了
3月里的一天，蔡元培邀请任鸿隽一起午餐任鸿隽曾为四川大学首任校长，能力很强，蔡元培虽然心有打算，但见事务繁忙，感到时机还不成熟
9月，等朱家骅又提出辞职时，任鸿隽的事务也基本安顿下来，蔡元培正式邀其继任总干事任鸿隽深知“中研院”情况复杂，虽答应帮忙，但要求到桂林等地视察后再决定可是，蔡元培认为已不能再拖了，最终说服了任鸿隽，通电宣布其出任总干事
蔡元培慧眼识才，任鸿隽则不辱使命在“中研院”搬迁安置最困难的时期，任鸿隽通过自己在四川等地的人脉以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安顿下来，并不间断地产生科研成果
蔡元培始终关注着“中研院”，不止一次的鼓励同仁：“人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务又况易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏在特定的条件下，这无疑是有利于“中研院”的存在和发展的重大举措
新中国成立时，“中研院”的大部分机构很好地保留下来，成为科学事业的重要