倘有因此渎犯了蔡校长，务乞大度包容，不要怪罪林先生第二，张厚载以为林纾致蔡校长的那封信肯定是新文化运动思想史“最有趣味”的材料，他希望蔡校长能对林纾的这封信有个正面的回应张厚载之所以这样说，大约与其身份有关，因为他不仅是北大在校生，而且还兼任《神州日报》记者
张厚载之前与北大新派教授胡适、钱玄同、刘半农，以及新派学生傅斯年等有过节，他们一起争论过旧戏的得失，张厚载不知妥协，让这些新派教授很不高兴这大约也影响了张厚载在蔡校长那里的印象
张厚载还是林纾在五城中学堂时的学生张厚载与新文化主流有分歧，自然又容易与林纾建立情谊或者说，正因为他们之间有着这样的情谊与交往，方才使张厚载在理念上与新文化主流过不去但是不管怎么说，他向蔡校长解释林纾的第二篇小说追不回来或许是事实，他请求蔡校长就林纾的来信表达意见，说起来应该也没什么大错
但是，把北大的名声看得比什么都重的蔡元培，接到张厚载的这封信后火气却特别大
他在回复张厚载的信中说，作为北大学生，明知林纾先生的小说是刻意攻击本校教员，是丑闻，继续承担转交使命，令人难以理解与林纾先生有师生之谊，固然宜爱林君；但毕竟也是北大学生，更宜爱护本校林纾先生作此等小说，意在毁坏北大名誉，“而你竟徇林君之意而发布之，那么你对母校爱护之心，安乎，否乎”？蔡元培还表示，自己平生从来不喜欢“作谩骂语、轻薄语，以为受者无伤，而施者实为失德”林纾先生骂我，我将“哀矜之不暇”，只是替他难过，哪里还有什么遗憾不理解呢？要说我有什么不理解的话，还是你张厚载先生如此爱护“本师”林纾先生，“安乎，否乎？究竟是爱林君，还是害林君呢”？
在复张厚载信的同时，蔡元培也给林纾写了一封措辞强硬的信，即《答林君琴南函》，同样发表在《公言报》上在这封信中，蔡元培就林纾对北大，对陈独秀，对胡适等人的攻击或批评略有辩解
就事实而言，蔡元培分三点解释辩白北大并没有林纾所说的覆孔孟、铲伦常、尽废古书这三件事情借此机会，蔡元培公开重申自己办大学的两点主张：一、对于学说，仿世界各大学通例，循思想自由原则，取兼容并包主义“无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”二、对于教员，以学术水平造诣为主教员在学校的讲授，以无背于思想自由、兼容并包为界限其在校外言论、行动，悉听自由，学校从不过问，当然也就不能代其负责
蔡元培强调，人才至为难得，若求全责备