维新后新学制拟定，废除了教育上的两性差别和满清贵胄学堂除高师外，允许开办私立学校
尊孔读经，千百年来成为一种神圣和至高无上的东西，与封建专制制度扭结在一起，成为中国迈入近代门槛的惰性因素经受了欧美现代文明洗礼的蔡元培，认为“尊孔与信仰自由相违背，虽然孔子和他的学说在学术上自有其价值，但后世将此演化成为儒教、孔教，定为一至尊，叫人顶礼膜拜，则极不合理宗教信仰自由是人的三大自由之一，学校不是教堂，不能强行要求人信奉哪种宗教
在全国教育临时会议上，蔡元培提出的《学校不应拜孔子案》虽然受限于当时的大环境，蔡元培提出的《学校不应拜孔子案》没有在会议上通过但毕竟明文废止了在中小学一直实行的“尊孔读经”仪式，这不能不是这次会议的又一个成果
孔孟之道的“克己”，以所谓的“义”否定“利”的义利观，和宣扬禁欲主义的佛教，和奉行蒙西九戒基督教一样，归根结底是属于维护封建专制统治的思想体系三者在历史上，在推翻奴隶制度过程中，都曾经起到革命作用，但伴随着新时代的来临，从总体思想上毕竟成为过时的东西新的时代讲求等价交换，注重实利讲求现实利益，也就是思想家们常说的，人们要从彼岸世界回到现实世界来，要从那些蒙蔽人们的关于未来世界的幻想中，回到现实世界一个越是不能保障人们的利益的社会，就是越起劲的忽悠和教化人们忘掉自己、无视自己的利益比如不合理的封建等级制度，比如上个世纪六十年代极左主义喊出的“狠斗私字一闪念”
毫无疑问，蔡元培对尊孔读经的抵制，是顺应历史潮流的
此次会议的多数提案形成教育政策,并且在教育实践中影响深远一个共同的认识是：全国临时教育会议是民初教育改革的重大举措之一，为民初教育发展作出了很大贡献.