权利十三条以我国现行法制比较其违合之度》、《新民丛报公民自治篇举广东人自治之成绩各任其例以所居本省之事证之》、《论立法、司法两权分立之理》、《论国际公法之性质可以国家学中之民约论证明之》、《论改定盐法及抵制洋盐进口之策》、《斯宾塞尔言谬误事中自有真理，试以所知之事证明之》、《普之胜法毛奇将军归功于小学校教育试论其理》……”
从这些研究课题中，可以清楚地看出，蔡元培所倡行的新式学风关注的范围和研究的方向。在这里，学习不仅已经不再是传统地“两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书”，也不再是坐而论道，而是具有强烈的现实意义和实用性。这其中的一些课题，其意义之深远，即使放在今天来探讨也并不过时、陈旧。
从这些研究课题中，也可以强烈感受到，一个优秀的知识分子具有的先见和透过时空的智慧。更能看到，蔡元培在教学上是如何的殚精竭力。
为使学生们更好更快地了解各种西学知识，蔡元培在南洋公学里还十分重视外语的教学。
他曾对特科班的同学们说：“现在中国被各国欺侮到这地步，知彼知己，百战百胜，我们要知道自己弱点，还要了解国际情况。了解国际情况，就要通晓外国文，读外国书。”
英文自然是要学，也特别重要，但蔡元培根据自己学习外文的经验和体会，学英文而学日文相对容易些。既然大多数西方著作，都有日文译本，他建议学生不妨先学习与汉语较为接近的日文，以了解世界大势。
他亲自负责日文教学，并把他本人边学日文边学着翻译方法，对学生们倾囊相授。在蔡元培的悉心指导下，很多学日文的同学“不数日，人人能读日文，且有译书者”，这件事在当时被很多人当成传奇。
蔡元培在教书、编书之余，还跟马相伯学拉丁文。
每天一大早，蔡元培便从南洋公学走两三公里的路，赶到徐家汇土山湾马先生的住处，他是个习惯早起的人，有时，早5点钟就到了马老师的家门口。
后来，蔡元培又选了24名学生，一道师从马先生学习拉丁文。
马相伯（1840年4月7日—1939年11月4日），原名马志德，圣名若瑟，又名钦善、建常、绍良，字斯藏，又字相伯、湘伯、芗伯等，晚号华封老人。
祖籍江苏丹阳，生于丹阳马家村（今江苏丹阳），是一位杰出的教育家，是震旦大学、复旦大学、复旦中学、向明中学的创始人兼首任校长，耶稣会神学博士。
民国高官于右任、邵力子为其弟子。后人辑有《马相伯先生文集》。
此时，张元济在南洋公学任译书院院长，蔡元培常向自己这位同科好友借阅西学书籍和日文资料。来往多