表明章学诚自己虽然很热衷于科举功名，但仍将学术研究作为矢志不移的抱负
在敬胜书院主讲期间，全家迁至永平，此后其家口常随其谋业地点的变更而流徙不定
乾隆四十八年（1783年），章学诚客寓北京，身患重病幸亏同乡邵晋涵将他接至家中，延医治疗，得以不死
邵晋涵也是一位著名学者，自十几年前与章学诚相识后，两人意气相投，这次病中，“常与论学，每至深夜”两人皆有意重修《宋史》，章学诚明确提出要将“以班马之业而明程朱之道”作为立言宗旨此年，他的著述中一个值得注意的特点，就是较为深入地从哲理上探讨学术源流和治学风格问题，写出了《言公》《诗教》《与朱沧湄中翰论学书》等重要论著
乾隆五十二年（1787年）冬，章学诚谒见河南巡抚毕沅，受到厚遇次年初，由章学诚主持开局编辑《史籍考》
编辑此书是章学诚的一大学术宿愿，目的是全面整理、总结历代史籍但此举规模宏大，非一人所能胜任此时依傍毕沅，人力、物力皆为充备，著名学者如洪亮吉、孙星衍、武亿等人均被邀请参与除主持编辑《史籍考》外，章学诚还被安置于归德府（府治在今河南商丘）文正书院主讲，他用余暇重新修订了《校雠通义》一书经过这次精心更定，章学诚的目录学思想在此书中得到了更加充分的表达
由于毕沅赴任湖广总督，章学诚随即失去文正书院讲席，携家离开河南从乾隆五十三年（1788年）下半年到次年上半年，他辗转于安徽亳州（今亳县）、太平（今太平县）、安庆之间，虽一时困厄，但学术上进展很大乾隆五十四年（1789年）四月十一日至五月初八，近一个月之内著文二十余篇，从哲理上探索学术史、治学宗旨、治学途径和学风问题，将自己的主张予以理论性的论证和阐发，其中《原道》《原学》《经解》《博约》《史释》等篇，皆为《文史通义》中的精粹
乾隆五十四年（1789年）秋，章学诚应知州裴振的邀请编修《亳州志》，次年二月撰成他自己对《亳州志》十分满意，认为“近日撰《亳州志》，颇有新得……义例之精，则又《文史通义》中之最上乘也”从此，他确立了方志立“三书”的体例，即“志、掌故、文征各成一书，相互辅佐，志的部分体现作者的别出心裁，掌故收编一方典章，文征汇集一方文献”，从而解决了方志学术性与资料性的矛盾这样，章学诚的方志学理论已趋于成熟
《亳州志》修成的当年，章学诚离亳州赴武昌，依附毕沅继续编辑《史籍考》，并参与了毕沅《续资治通鉴》的编纂从乾隆五十五年（1790年）至乾隆五十七年（1792年），