二十九日，韶关方面北伐军失利后，翁源方面亦被陈军击破，全线摇动
湘军陈嘉祐所部三旅，一旅在火山，其余两旅在周田、仁化尚未加入阵线，亦连带退却
七月三十日，各军退至始兴县属之江口，才收容部队，重加整顿陈军已追击至长冈、水南、水口等处北伐军获知翁源方面亦告失败，于是自江口退却
八月三日，退至赣边的南雄
黄部第九旅退至虔南、赣军赖世璜部退至信丰、李明扬部退大庾、李福林部一支退仁化，一支退南雄
滇军朱培德部、湘军陈嘉祐部因河川阻隔难以退入南雄，向湘桂边境退却
当时李烈钧人在南雄，主张各军全部退桂林
许崇智因为在福建有延平王永泉的关系，以及多年和福建的渊源，坚持退福建
结果分道扬镳，许崇智军、李福林军及黄大伟部偕同退福建，李烈钧之赣军、朱培德之滇军、陈嘉祐之湘军退往湘边，李烈钧则赴上海养病
八月四日，南雄为陈军所占
回师讨逆的北伐军全盘失利、南雄失守的消息传到座舰，南方政.府大总统召集各舰舰长及重要干部会议
大家认为：赣南失陷，南雄不保，前方腹背受敌，战局当然恶化总统株守省河，有害无益，还是离开这个困窘之地，别图发展为上策
南方政.府大总统接纳了大家的建议，决定离开广东去上海派人通知各国领事后，原订计划是乘搭商轮，但英国领事表示可派炮舰摩汉号护送去香.港，便改乘英舰
南方政.府大总统离开广东后，八月十五日，陈炯明回到广州任粤军总司令
八月十四日上午，英国皇后号邮轮驶抵上海，南方政.府大总统在吴淞登陆，上海各团体代表等候岸边，欢迎者约数千人，场面很热烈
十五日南方政.府大总统发表护法宣言，全文如下：
“六年以来，国内战争，为护法与非法之争文不忍艰难创造之民国，隳于非法者之手，倡率同志，奋斗不息中间变故迭起，护法事业，蹉跎数载，未有成就，而民国政.府，遂以虚悬国会知非行权无以济变，故开非常会议，以建立政.府之大任，属之于文文为贯彻护法计，受而不辞就职以来，激励将士，出师北向，以与非法者战最近数月，赣中告捷，军势远振，而北军将士，复于此时为尊重护法之表示，文以为北军将士有此表示，则可使分崩离析之局，归于统一，故有六月六日之宣言，愿与北军将士提携，以谋统一之进行
“不图六月十六日，护法首都，突遭兵变，政.府毁于炮火，国会遂以流离，出征诸军，远在赣中，文仅率军舰，仓卒应变，而陆地为变兵所据，四面环攻，益以炮垒水.雷，进袭不已文受国会付托之重，护法责任，系于一身，决不屈暴力，以失所守故冒