后经徐世昌等说和，段祺瑞才稍稍做出让步，于八月廿六日手谕徐树铮：“本院呈请大总统核阅文件，应责成该秘书长躬自递呈，用印后赍回，无论风雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差异”
同时有文呈报黎元洪：“逐日文件，均由树铮躬递该员伉直自爱，不屑妄语，其于面对时，凡有声明为祺瑞之言者，祺瑞概负全责”
对有关府院权限问题，亦议定折衷办法如下：
（一）国务会议议事日程先期呈阅，事后送呈议事纪录；
（二）国务会议散会后，推国务员一人入府报告议决事项；
（三）每星期五，国务员齐集总统府会商政务举行聚餐；
（四）总统对国务会议议决案如有认为不合者，得命总理及主管阁员说明其理由，如仍认为不合，得交复议一次；
（五）未经国务会议议决之命令，总统得拒绝盖印
府院职权因此明确划分，这样一来，总统府和国务院的矛盾，得到了一定的缓解
徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来这便是我们前边提到过的“阁潮”，
照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐树铮主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧孙洪伊主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言
徐树铮竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹后因段祺瑞袒护小徐并主动承担责任，阁员们顾及段的面子，才未过于追究
总统和国务院职权划分后，国务院大权几乎全集中于徐树铮之手不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火.药气氛接近爆炸
这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会
孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段祺瑞：凡与各省民政长及有关的问题，内务总长是否无权过问？院秘书长是否有权擅自处理？
孙洪伊（1870—1936），直隶天津（今天津市）人，字伯兰曾入袁世凯幕清宣统三年（1911）任直隶谘议局议员辛亥革命后与汤化龙等在上海组织民主党，参加进步党，为首领之一一九一三年被选为众议院议员、宪法起草候补委员曾公开发表言论，反对袁世凯图谋帝制
一九一六年任教育总长，旋改任内务总长，不久辞职