的总机关被黎元洪的密探侦破，黎当夜派宪兵一营包围札珠街十三号，将顾斌、顾开文、罗子常、罗子达等八人抓捕，将二顾二罗四人在都督府前斩首示众，其他四人监禁二十年
南湖马队二标得悉城内机关被破获，一营管带集合全标官兵，鼓动道：“机关已破，不如趁此时攻进城内”声称城内有某标某营可为接应，决不至于失败二标标统也随声附和，全标官兵随即倾巢而出先攻起义门，希图乘敌不备，斩关而入
但第四师师长蔡汉卿已奉黎元洪令，事先在起义门埋伏在城墙上以重炮向马队轰击，当即击死数十人马队后队随即往扑保门进攻，那里有第一师师长黎本唐把守
蔡汉卿率军出城夹攻，马队官兵腹背受敌，双方激战三个多小时，至天明，马队不敌退回南湖本营一路上凫水死者甚众，仅存的四百余余人
黎本唐、蔡汉卿率军追随围捕，马队官兵逃散被捕之人，有的被就地处决，有的被解至都督府或司令部正法，有的被解至阅马场杀害，标统和带头的营管带均被正法
次日，黎元洪下令巡查城内各军，遇有马队二标中人，格杀勿论又令军警稽查散兵，捉获即杀，不问口供，尸体丢进长江，连姓名、罪状均不宣布
此役死于战斗中的马队官兵二百余人，湖中泅水死者数十人，被“正法”者数十人，共三百余人，此外，有部分并未参加起事的马队也被误会，指为乱兵，四围合攻，当场枪杀二百余人蔡汉卿率军到南湖，又误会炮队参与起事，毙炮队数十人
马队二标失败后，又有马队一标革命党人继起，密谋再举，结果被拿获，又处决数人九月二十五日到十月中旬，又陆续破获“振武会”秘密机关十余处，数十人被处死
此外，在武昌周围各县：襄河、沙洋都有振武会活动，荆门、当阳等县亦有振武会分支七星会组织很快，这些组织均遭破坏，多人被杀
此番捕杀，死者当在一千人以上军法局收禁的人犯达五百余人，以至人满为患这次被杀的革命党人，基本上是参加首义的原来文学社系统的革命党人，经过这次杀戮，幸存下来的已为数不多
接下来，黎元洪采取了多种防范措施：
设立鄂军稽查处，加强对革命党人的秘密侦讯
下令禁止军人参加政党、社团，已入者务须脱离，尤禁参与秘密结社或开会，违反者，则惟主管长官是问
加强警戒，各军队按照区域添班逡巡，每晚发特别口号，在险要地点酌设快炮、机关枪巡警厅、消防厅分途巡逻街道，晚九点钟以后戒严
十月五月以后，又下紧急戒严令
首义周年纪念日前几天的武汉，气氛异常紧张，人们均有恐惧之色都以国庆日为不祥之日，必须度过此日，方可安枕