大总统一事，袁世凯还给末代皇帝溥仪写了报告。
新任大总统要给昔日的皇帝写报告，这称呼该用什么呢？
当时，这份报告的抬头是这样写的：
“中华民国大总统谨致书大.清皇帝陛下：”
报告结尾处这样写道：
“用特报告，并祝万福”。
从这个称呼来看，当时袁世凯是将溥仪和自己视作平等关系的。细想下来，这真是一件很有趣的事情。一个北京城里，同时存在着两个性质截然相反的政权。一个是大.清帝国，一个是中华民国，他们毗邻而居。而管理范围和权力却有着天壤之别，但是他们之间似乎又是彼此平等的。
袁世凯报告的内容，一方面是告知溥仪自己于中华民国二年十月六日（1913年10月6日）经国民公举为正式大总统并于是年十月十日受任；另一方面是感激当年隆裕太后将政权交给自己，就任之后，将“恪守优待条件，使民国巩固，五族协和，庶有以慰大清隆裕皇太后在天之灵”。（此时隆裕太后已经去世）
接到报告的溥仪是什么心情？如何回复的呢？
据说，溥仪看完报告，百感交集。
他不敢怠慢，急忙派“清前大臣、贝勒衔固山贝子溥伦”于十月十日典礼举行当天，率领禁卫军军官四员，带着《大清皇帝致大总统函稿》，代表他前往致贺。
在贺函中，溥仪依旧以皇帝的派头和口气夸耀自己和隆裕太后当年将政权交给袁世凯可谓“付托之得人”，对袁世凯的当选“朕深慰之余，尤乐企盼深”。
袁世凯看了这份回函，呵呵一笑，他的目的达到了。至于溥仪的皇帝架子，袁世凯大概并不放在心上。他相当客气地接待了溥伦，还赏赐给溥伦一枚“一等嘉禾章”，作为他前来道贺的回报。
平定了“二次革命”后，袁世凯收获满满，反对他的几个“诸侯”都被赶跑了。
安徽都督已换上了他的嫡系倪嗣冲，新换上的上海镇守使郑汝成、广东都督龙济光、江西督李纯，都是他信得过的人，这些地方也已在北洋军的势力范围之内。
湖南已委任海军次长汤芗铭为湖南都督兼查办使。
这一年的十一月，袁世凯命令海军总长刘冠雄率李厚基的人马进入福建，遣散了湘军，赶跑了原来的都督孙道仁。
原江苏都督程得全也被迫宣布过独立，讨袁失败后不敢回南京。
江苏曾是南方革命党人的大本营，又是富庶之地，江苏都督这个位置，袁世凯本来是想留给他的心腹大将冯国璋的。让冯国璋带本部人马过去，就可以把华东牢牢控制。
但因为是张勋率部先打入南京，开始只好任命张勋为江苏都督。
不久，袁世凯借口张勋所部屠杀日本人，有外交纠纷为由，改任张勋为长江巡阅使（长驻徐州），还是让冯