长的掩护，以及国民党在日本的负责之人丁怀瑾（石僧）的布置，日本友人萱野长知等的协助，才得在神户秘密登岸这时随侍孙在神户的是胡汉民和廖仲恺，丁怀瑾则往来东京、神户各地，对外连络
九月六日北京总检察厅秉袁世凯命下令通缉二次革命首要以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为宁沪倡乱首魁，其余孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明亦在通缉之列不久，黄兴、陈其美、居正、戴传贤、邵元冲、邓铿、田桐等亦先后亡命至日本
民国二年的讨袁之役（又称为癸丑之役、赣宁之役、湖口之役和二次革命），可惜是昙花一现，它是民国成立后的第一次南北战争这一次战争的结果使得北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川省外，其他南方各省都成为了北洋军及其附属军的征服地，袁家天下已囊括了全国十分之九
至于桂、黔、滇、川四省为什么没有给北洋军侵入，一来是这四省的都督都不是属于国民党系，二来是这四省地处偏远，袁觉得鞭长莫及由于地盘扩大，北洋军既要镇摄北方，又要占领新夺到的南方各省，当然感到兵力不敷分配，于是乃大举扩充，从此北洋军的番号便越来越多了
国民党第二次革命失败，对于中华民国的影响是极大的因为袁世凯的胜利进一步膨胀了他独裁称帝的野心，使中华民国民主事业，遭受到了致命的打击
战争的最终结果是袁世凯所代表的军政集团大获全胜，国民党在广东、江西、安徽三省势力也都被一一清除“三藩”既除，其他省的大佬们也就噤若寒蝉，唯袁世凯是命了
平定二次革命中，袁世凯很注意做反袁派的分化瓦解工作他曾令梁士诒、曾彝进转告讨袁派说：“现在看透孙（中山）、黄（兴）除捣乱外无本领左又是捣乱，右又是捣乱，我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱！自信政治军事经验，外交信用，不下于人若彼等能力能代我，我亦未尝不愿，然今日诚未敢多让彼等若敢另行组织**，我即敢举兵征伐之！国民党诚非尽是莠人，然其莠者，吾力未尝不能平之！”
梁士诒当袁世凯面嘱曾彝进“以个人资格往告国民党人”，袁世凯则摆手制止说：“就说是我袁慰亭说的，我当负责任”
五月二十九日，在袁世凯的支持下，共和、民主及统一三党合并组成进步党，举黎元洪为理事长，实际负责人是汤化龙、梁启超进步党明确声明拥护袁世凯和“宋教仁案”以法律解决
各地进步党的都督也紧随其后，为袁世凯张目，连国民党山西、陕西都督亦列名于攻诋黄兴的通电
在镇压“二次革命”的过程中，袁世凯反复