孟阳撰写奏疏，周孟阳做了些劝诫，赵曙连忙拜谢。奏疏上了十多遍，仁宗没有同意，下诏同判大宗正事安国公从古等人前往劝告服从命令，于是众臣到赵曙卧室扶起他送入皇宫。赵曙才答应做皇子，并告诫舍人说：“谨慎地守好我的屋舍，皇上有了后嗣，我就回来。”八月三十日，赵曙出现在清居殿。从此以后，赵曙每天两次朝拜仁宗，有时还到皇宫内服侍仁宗。九月，赵曙被封为齐州防御史、巨鹿郡公。
嘉祐八年（1063年）农历三月，仁宗逝世。夏四月初一，曹皇后发布遗诏，让赵曙继承皇帝位。文武百官进入宫廷，痛哭哀悼。韩琦读仁宗遗诏制命。赵曙到东殿接见文武百官。正式即位，是为宋英宗。四月初二，大赦天下，赐给百官爵加一等，奖赏各军。
赵曙想为仁宗守丧三年，命令韩琦代理军政事务，宰相大臣等不答应，赵曙才收回成命。四月初四，赵曙生病。派韩贽等人向契丹报告英宗即皇帝位的消息。四月初五，尊奉曹皇后为皇太后。四月初八，下诏请求皇太后共同处理军国要事。四月十四日，皇太后到小殿垂帘听政，宰臣又到小殿帘前上奏国事。四月十四日，制作受命宝印。四月十六日，任命皇长子赵顼为安州观察使、光国公。赵曙即位之初，由于生病便由曹太后来垂帘听政。一些宦官不断向曹太后说赵曙的坏话，致使两宫嫌隙萌生，关系颇为紧张。
为了调解两宫矛盾，韩琦和欧阳修先对曹太后说：“您侍候先帝仁宗这么多年，天下谁不知道您是一个又贤德、又宽厚、又仁慈、又通达的人，为什么现在会和儿子过不去呢？他是个病人，您不至于和他一般见识吧。难道您希望别人象议论天下其他继母那样去议论您吗？”他们又对赵曙说：“自古以来，天下贤明的君主不计其数，人们为什么唯独称颂舜为大孝子？难道其他人都不孝顺？当然不是。父母慈爱而子女孝顺是很平常的事情。如果父母做得不好而子女依然孝敬有加，那才值得称道啊。过去太后是个什么样的人难道您还不清楚？您只管尽您做人子的孝心，相信太后一定不会亏待了您。”在大家的劝解下，两宫之间的矛盾得以逐步缓和。治平元年（1064年）五月，赵曙病体恢复，曹太后撤帘还政。赵曙亲政仅半个月，宰相韩琦等人就向他提议请求有关部门讨论赵曙生父的名份问题。当时仁宗逝世已有14个月，赵曙批示，等过了仁宗大祥（中国古代汉族丧礼仪式之一，父、母丧后两周年，即第二十五个月）举行的祭礼再议。治平二年（1065年）农历四月初九，韩琦等再次提出赵曙生父的名份问题，于是，赵曙出诏将议案送至太常礼院，交两制以上