来，二者因理念之争大打出手，盖欧卡带着海水肆虐陆地，固拉多裹挟岩浆进入海域，填海造陆
暴雨倾盆，岩浆涌入海水产生的有害气体直冲天际，惊醒了天空中沉睡的裂空座，为了维护大气层的稳定，裂空座出手将两只超古代宝可梦制服
因在战斗中能量消耗过大，两只超古代宝可梦退出了原始回归状态，盖欧卡再次回到无底海沟积蓄力量，固拉多钻回地底岩浆中陷入沉睡
它们伺机等待着下次扩张领地的机会!
虽然盖欧卡已经离开，但陆地上肆虐的洪水却没有被它带走，人类和宝可梦们齐心协力治理洪水
东方地区，带领治水的功臣被推举成了王者，人类文明中开始出现国家这一概念
当国度中暴君当政，有彩虹使者持虹色之羽推翻了暴君统治，建立新的王国
这一事件，史称“玄鸟生商”！
屠龙的少年终成恶龙，延续了几百年的王国中再次诞生暴君
国王帝辛被千年九尾所迷惑，为给九尾收集古代能量，弄得人间生灵涂炭
炮烙之刑下，三只伊布惨死，凤王终于发怒，对人类彻底失望，将三只伊布复活后飞离了人类国度
岐山，一根虹色之羽落下，少年曾听闻凤鸣
新的彩虹使者再次出现，为推翻暴君的统治而努力，史称“凤鸣岐山”！
新的王朝建立，彩虹使者持虹色之羽跑入大商宗祠，恭迎凤王降临
但他等来的却只有三圣兽，三圣兽告知新任彩虹使者，凤王已经不再信任人类，不会再接受人类的供奉
由此为始，仙凡之隔，传说之名渐渐从人类历史中淡化
……
西方，巨人创造的种族肆虐大地，一位名叫宙斯的青年，带着他的搭档捷拉奥拉打败所有巨人并将巨人们封印，还大地一片安宁
宛如神迹的战斗场面震撼了愚昧的人们，青年被推举成神，带着同样有功的十一位参战者住在奥林匹斯山上，他们被人尊称为“奥林匹斯十二神”！
……
东方，有一位强大的地面系训练师统一分裂局势，建立人类历史上第一个大一统帝国
他建造长城，将强大的野生宝可梦阻击在长城之外，为人类博得生存空间
他又凭借自己对地面系能量超强的理解，创造出了新的宝可梦
这两种新生的宝可梦被命名为天秤偶和泥偶小人，主要负责守护长城，保护人类
……
西方，亚瑟王坚韧的意志感动了亚克诺姆，亚克诺姆赐予他与众不同的能力，帮助他执掌意志之剑，王者又在两只传说中宝可梦的帮助下，清理了极巨化的源头，统一不列颠王国
……
近代，妖精属性被发现且形成成熟的训练体系，其对龙系绝佳的克制性具有极强的战略意义
为了共同发展，很多国度放弃国家这个概念，形成统一的联盟，面对号称龙之国度的富