培养和大力提携下，尹昌衡在川军中逐步崭露了头角
年轻的尹昌衡秘密参加了袍哥，又兼能说会道，善于拉拢人
清军中不少人都参加了袍哥，尹昌衡作为袍哥兄弟，逐步成了清军中川籍军人的领袖
由于朱波澜是外省人，由他担任统制官的十七镇新军中，军人主要来源于四川
而军官则基本上是朱波澜带来的客籍人，川籍军人认为朱波澜看不起四川人
因此，新军中川籍军人对朱波澜等外省人十分看不惯，排外思想非常严重，曾指名道姓地叫骂外籍军人无能
尹昌衡趁机在川籍军人中间煽风点火，希望能把朱波澜赶走，由自己来统领全军
蒲殿俊为了调和川籍军人和客籍军官之间的矛盾，便决定起用尹昌衡，任命他当了军政府的军政部长
尹昌衡依仗有大量的袍哥兄弟撑腰，当了军政部长仍然不满意
他踌躇满志，要当镇统，要直接领兵，否则军政部长就是一个空的头衔
由于朱波澜当副都督和十七镇的镇统，是赵尔丰签订的《四川独立条约》里规定的条款，一时还动不了他
于是，尹昌衡便怂恿川籍军人向蒲殿俊提出，在新军十七镇以外，再增扩一个镇的军队建制
由尹昌衡兼任镇统，以安定心怀不满的川籍军人
尹昌衡希望真正抓到军权，可以寻找机会，随时赶走朱波澜，由自己来担任统管军队的副都督，甚至直接担任都督
可是蒲殿俊和朱波澜商量后，对尹昌衡的企图有所防备
蒲殿俊以兵员和饷械尚需筹备，只能在以后逐步解决为由，拒绝了增扩一镇新军的请求
于是，尹昌衡大发脾气，带了几个川籍军官来到参谋部，亲自向方涛部长提出增扩一个镇的问题
方部长不答话，做出嗤之以鼻的样子
尹昌衡大怒，破口大骂方涛，斥责他瞧不起四川人与尹昌衡同来的川籍军官，也跟着群起咆哮怒骂
一个军官拔枪出来，要打死方涛，吓得方涛赶紧抱头鼠窜
这时，川籍标统周骏拔出指挥刀，大骂道：“狗日的方涛，不把四川的军官当人看啦！”
一刀砍下去，将参谋部的办公桌斩掉了一只角
尹昌衡等人大闹军政府后，参谋部的正副部长，都吓得不敢来上班
尹昌衡大力拉拢四川籍军官，频繁串联，密谋夺取总督府的官位和权力
同时，尹昌衡利用自己的袍哥身份，与同志军中的袍哥首领称兄道弟他还加紧联络各地的袍哥，准备大干一场
多数袍哥首领认为自己保路有功，希望尹昌衡能为他们这些功臣，在军政府里谋个好官职当当
尹昌衡和同学周骏密谋，为川籍军人到处要官职，争着在军政府里安插自己人，同时排挤外省人
他向蒲殿俊提出：“军政府中三科十部，不得任用外省人”外省籍军人听到后，十分恐惧，人