五年一任，由两位格鲁派领袖共同推举，皇帝审核任命，这是名义上的教宗
实际则是由班单和达赉两大领袖总领格鲁派，甚至是整个藏地宗叫事务，他们分管前后藏
接着便是由朱以海亲自册封的五大呼图克图了
章嘉统漠南，哲布尊丹巴管漠北，温萨统漠西，尹拉古克三管青海，而原管漠西的咱雅转去康区
至于阿里地区，朱以海之前已经册封前来朝拜的竹巴噶举派的达仓热巴为呼图克图了
其实本来藏地各派的活*系很多，就算格鲁派自己都很多，但现在朱以海有意整合，加以控制
六大呼图克图，实际就分统了现在的几大片区，互不统属
特别是他规定，不能再跟以前一样直接指认转世了，必须得是在呼图克图圆寂之后，由朝廷、甘丹赤巴一起派人去寻访侯选灵童，建议访十二侯选，最终通过金瓶挚签的方式选出新的呼图克图，并经由两大领袖认证，以及大明天子的册封，新的呼图克图必须到北京面圣，亲自接受正式册封后才是正式的呼图克图
不仅六大呼图克图得按照这套金瓶挚签的程序选出，而且其它小呼图克图系，也一样不得指认，必须选认
除班单两位领袖是在喇萨金瓶挚签选任外，其余的大小呼图克图，必须都得在北京挚签，并且规定了在现有的呼图克图外，不得再随意增加呼图克图称号了，要新增必须得报请北京批准
清朝的时候，全蒙藏的呼图克图，多达一百五十八名之多，都有自己的转世体系，
清代北京还常驻八位呼图克图
在朱以海的这套管理改革规划里，主要还是要划区管理，六大呼图克图加班单两人，实际就是八大片区，分而治之
有教主之名的甘丹赤巴是五年一选任，没有实权，而有实权的班单两人，则要分而治之，尤其是扶立六大呼图克图来分管其它片区，只让他们两人具体管理前后藏
在大呼图克图之下，又分立小呼图克图，大抵就是通过调动，给蒙古每个都督府或是都护府驻一位小呼图克图，管理这个都护或都督府下的教务
这些小呼图克图也要直接受朝廷管辖，这样就能再削弱大呼图克图的权力
制衡嘛，中国王朝玩这套是最熟练的
其实对朱以海来说，汗王济农也好，或是王公侯伯，又或是呼图克图班第达绰尔济等，仅仅只是称呼上的不同，本质上还是权力，是一方实权掌控者
朝廷与他们合作，不管是封公侯爵位，还是册封呼图克图、上师等，本质还是招安拉拢的羁縻体制，没有说直接火枪大炮的打过去征服，那也是现实的权衡，毕竟饭要一口口吃，路要一步步走，不能脱离实际
尹拉古克三呼图克图得到认证册封，完成坐床大典后，也是立即前来朝见皇帝，他还带来了东科呼