后来他们改支持格鲁派，成为了格鲁派的最大施主，甚至在吉雪巴家族获得喇萨西北堆龙德吉南北两岸地区后，格鲁派事实上是依附于吉雪巴家族的
以前的甘丹颇章，相当于是达赉的内务府，处理世俗事务的，而格鲁派与吉雪巴家族结盟后，这个甘丹颇章是隶属于吉雪巴家族管辖的，双方结盟，一个管世俗，一个管教派，抱团对付藏巴第司和噶举派的联盟
只是后来吉雪巴家族打不过藏巴汗，被赶到青海去了，连世代相传的领地都丢了，后来格鲁派就引蒙古做为更强力的外援
有了新人忘旧人，新来的盟友蒙古人跟吉雪巴这种本地大贵族利益冲突，后来还发生过吉雪巴家族试图让自家孩子做四世转世的，最终拈糌粑团子选出来的却是琼结巴家族的
他们后来不死心，还跟青海的却图汗合谋，打算把年少的五世强行带到青海去让他到那边寺院住持，这样就方便他们控制，后来索南饶丹等得到消息带着五世就跑，破了这个阴谋，也因此，吉雪巴跟甘丹颇章矛盾也越来越深，甚至公开化
后来引来固始汗，吉雪巴家族又充当向导，吉雪巴家的那位活弗甚至还被固始汗尊为上师，固始汗也承诺说等入藏后，把吉雪巴家族以前的地盘、财富等全都还给他们，甚至恢复他们以前的地位等
可后来顾始汗入藏后，却食言了，绝口不再提那些
甚至在索南饶丹想要给吉雪巴家族一些地盘和官职以安抚，试图加强些卫藏本土势力对平衡和硕特蒙古人时，顾始汗也是坚决反对
吉雪巴家族也就越发不满，不仅恨和硕特，也把索南饶丹甚至是五世给恨上了，觉得他们就是故意戏耍他们的
曾经最大的施主，最大的支持者，转眼就成了最大的反对者
萨迦、宁玛等反了，自然也大抵就是差不多缘故的，几大派争斗了几百年，什么仇什么怨都深着
和硕特和格鲁派结盟，取得藏地政教大权后，双方联手意图建立一个统治全卫藏的汗廷政府，不仅要打击原地方传统势力的大贵族第巴家族们，也要对其它教派的寺院、僧侣打压，尤其是收走他们庄园的管理权等
要知道那些世代相承的大家族，手里的庄园极多，那些大的庄园甚至就相当于一个宗，庄园的土地，包括人口，完全就是他们控制着的，一切他们说了算，这种权力太大
什么拥兵，什么税收，什么司法，全是他们说了算的
固始汗要派流官管理十三宗，还要把以前隶属于地方地巴大贵族、寺院的那些大小庄园纳入管理，派流官，甚至建立汗国政府军等，自然惹怒许多人
虽然固始汗提出的交换条件是承认他们家族子孙世袭的地位，甚至给予他们汗廷的官职、贵族爵号等等
可原来的第巴、大贵族甚至是