被攻陷，但其卫城依然在负隅顽抗夏萨的埃米尔同意支付一笔巨额赔款，成为了约翰的臣属并支付年贡约翰此时已经对他的盟友们失去了所有的信心，并且赞吉王朝的军队就要驰援这座城市，因此皇帝只好不情愿地接受了这个条件
最后的出征
1142年初，约翰为确保(在奇里乞亚的远征军与帝国首都)通过安塔利亚的联系线而对科尼亚的塞尔柱人发动了战役就在这场战役期间，他的长子共治皇帝阿莱克修斯因热病而去世在确保了他的路线之后，约翰为了收复安条克着手对叙利亚发动了新的远征这次远征约翰还计划带着他的军队一起去耶路撒冷朝圣耶路撒冷国王福尔克，因惧怕皇帝的军事优势将会迫使他的王国向拜占庭称臣并承认其宗主权，乞求皇帝只带适量的护卫前来福尔克称他贫瘠的王国无法支持如此一支庞大的军队通过这一温和的请求致使约翰二世决定推迟他的远征约翰迅速来到北叙利亚，强迫乔斯林交出人质(作为臣服的保证)，其中包括乔斯林的女儿，他之后提出安条克的城市及卫城都将交给皇帝普瓦捷的雷蒙德为拖延时间提议由安条克全体大会公投决定季节的变化也促使约翰决定将他的军队率领至奇里乞亚过冬，随后在来年重新进攻安条克
去世与继任者
在为他的军队重新做好进攻安条克的准备之后，约翰开始在奇里乞亚陶鲁斯山区猎野猪取乐，1143年4月8日他意外地被一支毒箭伤到了他的手起初约翰忽视了他的伤，这使得之后他的伤势愈发严重，他在事故的几天后便可能因败血症去世了还有一种说法是约翰被其军中因不满于其进攻安条克同宗的拉丁裔士兵密谋刺杀，并且他们希望他亲西方的儿子曼努埃尔继承皇位这一猜想在第一手史料里没有明显的证据
约翰生前最后一件大事便是指定他的小儿子曼努埃尔为自己的继承人约翰选择曼努埃尔而非其兄长伊萨克有两条有记载的证据:伊萨克的脾气易怒，并且曼努埃尔的胆识已经在neocaesareia战役中显现了出来另一个证据据称是源自aima预言的选择，它预言约翰的继承人名字的首字母应该是“m“约翰二世的挚友约翰.阿克苏赫，尽管有记载他苦劝垂死的皇帝，伊萨克才是更合适的继承人，但还是在确保曼努艾尔获得皇权不受任何公开挑战上做出了贡献
约翰二世的遗产
历史学家约翰·伯肯梅尔最近认为约翰的统治是科穆宁王朝中最成功的一部分在《1081-1180年科穆宁王朝军队的发展》一书中，他强调正是由于约翰的战争注重于围城战而不是有风险的对战伯肯梅尔认为约翰每年发动有节制的战役，实际目标比他儿子曼努埃